تهم جماعة الحوثي، الحزب الإشتراكي اليمني بنشر الإلحاد في الجنوب، وتؤمن بأنه كافر. وكفر المرجع ومؤسس الجماعة الحوثية حسين الحوثي في أحدى الوثائق “الملازم” الذي تتدوله جماعته الحزب الاشتراكي اليمني بقوله : “ فكانت الأحزاب الشيوعية في كل بلد حتى في اليمن كان جنوباليمن يحكمه حزب شيوعي اشتراكي مُلحد ملحد فعلاً،امتداداً للشيوعية في روسيا.” وأضاف في محاضرة له بعنوان “يوم القدس العالمي” ألقيت بمدينة صعدة شمالي اليمن بتاريخ ( 14 ديسمبر 2001م) أن اليهود كانوا وراء الشيوعية وقال “هم كانوا وراء الشيوعية كما عرف ذلك، وتقريباً كل من تحدث عن الشيوعية, وكل من كتب عن الشيوعية.” وفي محاضرات بعنوان “الشعار سلاح وموقف” هاجم حسين الحوثي تحالف الاصلاح والحزب الاشتراكي بقوله “ مثلما حصل في الماضي, في الماضي اتفقوا هم والإشتراكيين أيام كان عاد الحزب الإشتراكي حزب قوي، يسكتوا من مصنع الخمر في عدن, وهم يسكتوا من المعاهد حقتهم.” مشددا في ذات السياق بقوله “إذا كان ما هناك استطاعة لحماية المساجد فلو دمرت المساجد ولا أن يبقى مصنع خمر, ما اتخذوا الموقف هذا.” وقد تسأل الكاتب السياسي المعروف “زايد جابر” في مقال له بعنوان “هل يعتذر الحوثيون عن تكفير حسين الحوثي للحزب الاشتراكي اليمني ؟!” “هل يمكن ان نسمع اشتراكيا يطالب الحوثيين باعتذار رسمي عن تكفير مؤسسهم للحزب؟ واتهامه بأنه كان ينشر الالحاد في الجنوب.؟” وأضاف جابر “هل يمكن ان نرى حوثيا ينتقد ما قاله حسين الحوثي ، أم ان ذلك من المحرمات لأنه قرين القران ؟ واستهدافه استهداف للقران كما قالوا في الملصقات التي علقوها في العاصمة في الذكرى الاولى لدفن جثمان حسين في يونيو الماضي؟” وكان حسين الحوثي قد قتل في العام 2004 بعد الحرب الاولى بين جماعة التمرد الحوثية والجيش اليمني في أحد جبال مدينة صعدة.
