عام 1966 ترجم علي خامنئي، الذي سيصبح لاحقا المرشد الأعلى للجمهورية الإسلامية الإيرانية كتاب "المستقبل لهذا الدين" الذي ألفه سيد قطب، أبرز منظري جماعة الإخوان المسلمين. حمل الكتاب المترجم للفارسية عنوان "بيان ضد الحضارة الغربية". في المقدمة التي صاغها خامنئي، أثنى على سيد قطب ووصفه ب"المفكر المجاهد"، وأن كتبه تشكل خطوة على طريق توضيح معالم الرسالة الإسلامية. في العام ذاته، أعدم سيد قطب في مصر، ولم يكتب له أن يرى كتابه مترجما إلى الفارسية على يد الولي الفقيه المستقلبي. لاحقا، عاد خامنئي وترجم جزءا من كتاب "في ظلال القرآن" الذي تم نشره على نطاق واسع في إيران، وفي باكستان موطن منظر الحاكمية أبي الأعلى المودودي.
تقارب إخواني إيراني جاء في كتاب "الإخوان المسلمون وإيران: الخميني - خامنئي"، أنه بعد نجاح الثورة الإيرانية عام 1979، بادرت الجماعة وعدة جماعات إسلامية سنية أخرى إلى تهنئة الخميني ومد يد التعاون للعمل المشترك وفق مرجعية الثورة الإسلامية. أيّد الإخوان الثورة الإيرانية وزار وفد منهم طهران، وعارضوا استضافة الشاه في مصر، وناصروا إيران في حربها ضد العراق، خاصة في بداية المواجهات. بعد وفاة الخميني، سنة 1989، نعته الجماعة واحتسبته "فقيد الإسلام الذي فجر الثورة ضد الطغاة". استمر التعاون بين الطرفين إلى السنوات الأخيرة. حينما وصلت الجماعة إلى الحكم بمصر، كان خامنئي من أوائل المهنئين بفوز مرشح الجماعة محمد مرسي في انتخابات الرئاسة. وفي شباط/فبراير 2012 زار الرئيس الإيراني محمود أحمدي نجاد القاهرة وهي الزيارة الأولى لرئيس إيراني لمصر منذ اندلاع الثورة الإيرانية. الكتاب الذي ألفه الباحث السوري محمد سيد رصاص ذكر أن سيد قطب وحسن البنا والخميني توحدوا وراء فكرة أن الإسلام هو الحل لمشكلة الحضارة الحديثة. يشير الكتاب إلى إن تقارب الإخوان وإيران يعود إلى أربعينيات القرن الماضي. تزعم الأزهر أنذاك حملة للحوار بين المذاهب السنية والشيعية، وتم إنشاء "دار التقريب بين المذاهب الإسلامية". استمرت اللقاءات بين علماء إيران الشيعة ونظرائهم المصريين المحسوبين على جماعة الإخوان المسلمين. وكان لقاء مؤسس الجماعة حسن البنا مع العالمين الشيعيين محمد القمي وآية الله الكاشاني دليلا على تحمس البنا لهذا التقارب. وتظهر رسالة وجهها محمد القمي إلى حسن البنا تصورا أوليا لدار التقريب بين المذاهب. رسالة من محمد القمي لحسن البنا حول تصور أولي ل"دار التقريب بين المذاهب"/ثروت الخرباوي: "أئمة الشر"
لكن، حسب مركز المسبار للدراسات والبحوث، فإن التقارب الفعلي بين الإخوان المسلمين وشيعة إيران جاء مع بداية الخمسينيات التي اعتبرت الفترة الذهبية لعلاقة الإخوان بإيران. تميزت هذه الفترة بلقاء مجتبى نواب صفوي زعيم منظمة "فدائيو الإسلام" الإيرانية مع سيد قطب وأعضاء الإخوان المسلمين في مصر عام 1953.
حاكمية قطب وخامنئي يظهر علي خامنئي متأثرا بأفكار سيد قطب، وتأخذ فكرة الحاكمية حيزا هاما من فكره، رغم الخلاف العقدي بينهما. بعد خلافته الخميني في منصب المرشد الأعلى للثورة، أدرجت نظريات وأفكار سيد قطب في مناهج مدارس الإعداد العقائدي للحرس الثوري الإيراني. وتعني الحاكمية، كما صورها سيد المودودي وسيد قطب، رفض الحكم بغير ما أنزل الله وحصر سلطة التشريع فيه. في سنة 1981، اغتالت مجموعة من جماعة الجهاد، متأثرة بفكر سيد قطب، الرئيس المصري أنور السادات، تحت ذريعة عدم الحكم بما أنزل الله؟ وترفع صور خالد الإسلامبولي، قائد المجموعة، في التظاهرات في إيران. وتتوسط صور كبيرة له بعض ساحات العاصمة طهران، حيث يوجد له "قبر" تذكاري أيضا. جدراية كبيرة لخالد الإسلامبولي، قائد عملية اغتيال أنور السادات، في طهران يقول خامنئي موضحا نظرته للحاكمية "إن الحكومة الإسلامية وولاية الفقيه التي أبدعها الإمام الخميني وطرحها أمام العالم، هي تلك الحكومة الإسلامية التي تعني حاكمية الإسلام والدين والشريعة، وهذا المعنى يجب أن يفهم جيدا". لكن ما يميز الحاكمية عند الخميني والخامنئي، عن نظيرتها لدى قطب أو المودودي، هو قبولها بحاكمية للشعب أيضا. يعتبر الشعب في إيران مصدرا للسلطات. فهو الذي ينتخب رئيس الجمهورية، ونواب البرلمان، وأعضاء مجلس الخبراء. لكن حاكميته تبقى في مرتبة دنيا أمام حاكمية الله. تقول المادة 56 من دستور إيران "السيادة المطلقة على العالم وعلى الإنسان لله" أما الشعب فيمارس حق السيادة "الممنوح له من قبل الله" بما لا يختلف مع الشريعة. تقول مقدمة الدستور الإيراني "يجب أن يتم التشريع في ضوء القرآن والسنة". وتقول المادة 72 "لا يحق لمجلس الشورى الإسلامي أن يسن قوانين مغايرة لأصول وأحكام المذهب الرسمي للبلاد". حسب دراسة لمركز المسبار للدراسات والبحوث، في الإمارات، أجراها هيثم مزاحم الباحث اللبناني المتخصص في شؤون الشرق الأوسط والإسلاميات، يكمن الاختلاف بين نظرية الحاكمية بين سيد قطب وعلي خامنئي، في أن رؤية الأخير لحاكمية الشعب جاءت في مقابل الديمقراطية في الغرب، لكن مع فرق أساسي، وهو أن حاكمية الشعب هي أن يقرر الشعب ما يريد تحت سقف الإسلام. أما الديمقراطية فهي أن يقرر الشعب ما يريد دون ضوابط أو سقف يحكمه.
