تولى سيدنا على بن أبى طالب خلافة المسلمين، لكن الأمور لم تسر كما أراد لقد بدأت بعض الاعتراضات، وكان أشدها ما وقع في الشام، فما الذي يقوله التراث الإسلامي؟ يقول كتاب البداية والنهاية للحافظ ابن كثير تحت عنوان "ثم دخلت سنة ست وثلاثين من الهجرة" استهلت هذه السنة وقد تولى أمير المؤمنين على بن أبى طالب الخلافة، وولى على الأمصار نوابا، فولى عبد الله بن عباس على اليمن، وولى سمرة بن جندب على البصرة، وعمارة بن شهاب على الكوفة، وقيس بن سعد بن عبادة على مصر، وعلى الشام سهل بن حنيف بدل معاوية فسار حتى بلغ تبوك فتلقه خيل معاوية فقالوا: من أنت؟ فقال: أمير. قالوا: على أي شيء؟ قال: على الشام. فقالوا: إن كان عثمان بعثك فحى هلا بك، وإن كان غيره فارجع. فقال: أو ما سمعتم الذي كان؟ قالوا: بلى. فرجع إلى علي. وأما قيس بن سعد فاختلف عليه أهل مصر فبايع له الجمهور، وقالت طائفة: لا نبايع حتى نقتل قتلة عثمان، وكذلك أهل البصرة، وأما عمارة بن شهاب المبعوث أميرا على الكوفة فصده عنها طلحة بن خويلد غضبا لعثمان، فرجع إلى على فأخبره وانتشرت الفتنة، وتفاقم الأمر، واختلفت الكلمة. وكتب أبو موسى إلى على بطاعة أهل الكوفة ومبايعتهم إلا القليل منهم، وبعث على إلى معاوية كتبا كثيرة فلم يرد عليه جوابها، وتكرر ذلك مرارا إلى الشهر الثالث من مقتل عثمان فى صفر، ثم بعث معاوية طومارا مع رجل فدخل به على علي فقال: ما وراءك؟ قال: جئتك من عند قوم لا يريدون إلا القود كلهم موتور، تركت سبعين ألف شيخ يبكون تحت قميص عثمان، وهو على منبر دمشق. فقال علي: اللهم إني أبرأ إليك من دم عثمان، ثم خرج رسول معاوية من بين يدي على فهم به أولئك الخوارج الذين قتلوا عثمان يريدون قتله، فما أفلت إلا بعد جهد.
