تفرض جماعة الحوثي على مؤسسات الدولية المدنية والعسكرية هيمنتها وتبسط نفوذها وتتحكم في قرارتها فبعد احداث 21 من سبتمبر تم نهب ومصادرة عتادها العسكري واحتلا مقارها والسيطرة الكاملة على اهم المؤسسات المدنية والعسكرية للدولة وعلى راسها وزارة الدفاع القيادة العليا للقوات المسلحة . النفوذ داخل مؤسسات الدولة تستخدم جماعة الحوثي قوة السلاح عبر لجانها الشعبية بفرض عناصر تابعة لها في مؤسسات الدولة للتحكم في قرارتها وتسيير اعمالها فقد كشف صخر الوجية محافظ الحديدة في الاستقالة المقدمة الى رئيس الجمهورية عن تسعة مطالب غير القانونية بهدف بسط نفوذهم على مؤسسات المحافظة وفي مقدمتها اعتماد نفقات الآلاف من أنصارهم ومنها تعيين نحو 4 آلاف من مندوبي اللجان الشعبية الحوثية في كل الإدارات الحكومية ومكتب المحافظ، ومنعه من اتخاذ أي قرارات إدارية دون الرجوع إليهم، كما منعوه ومنعوا صرف أي مبالغ مالية إلا تحت إشراف اللجان الشعبية واللجان الثورية، التابعة لهم. كما طالبوه بتوفير مقرات للجان الشعبية التي ستقوم بحماية المحافظة، والالتزام بعدم مساندة أي نشاطات معادية لهم. التي تتنافى مع اتفاقية السلم والشراكة التي وقعوها مع الحكومة والأطراف السياسية اليمنية في سبتمبر الماضي. وفي إشارة الى ما تمارسه الجماعة في التدخل في صلاحيات المؤسسات والوزرات وجهة الحكومة وزرائها بممارسة كافة صلاحياتهم القانونية والدستورية وعدم السماح لأي جهة لا تحمل أي صفة رسمية بالعمل والتدخل في شؤون وزاراتهم، وشدد المجلس بان على جميع الوزراء العمل بشفافية وجدية لإنجاز معاملات ومصالح المواطنين. ويتحكم الحوثيون، حاليا، بعمليات التعيين والعزل في المؤسسات الأمنية والعسكرية بصورة تامة. وذكرت صحيفة «الشرق الأوسط» عن مصدر عسكري يمني أن «الحوثيين فصلوا عددا كبيرا من الجنود في وزارتي الداخلية والدفاع وحلوا مكانهم عناصر تتبع لهم من ميليشياتهم التي تسيطر على العاصمة صنعاء». تعيينات في مراكز أمنية عليا قامت جماعة الحوثي المسلحة بفرض العديد من أنصارها في مؤسسات الدولة منذ سيطرتها على العاصمة صنعاء وعملت على اقصاء الكوادر الأمنية والعسكرية الوطنية وتعيين عناصرها في مراكز أمنية قيادية هامه لتعزيز نفوذها واحكام سيطرتها فقد قامت بتعيين قادة حوثيين على مؤسسات امنية أبرز تلك القيادات الحوثية التي فرضتهم للسيطرة على المؤسسات الأمنية: 1. عبدالرزاق المؤيد - مديرا لأمن العاصمة 2.عبدالرزاق المروني - أركان حرب الأمن المركزي (قائم بعمل القائد) 3. إبراهيم الخاشب - أركان قوات النجدة. 4. محمد عبدالجليل الشامي - مديراً لأمن محافظة إب . 5. عبدالحميد المؤيد - نائباً لمدير أمن الحديدة . 6. عبدالصمد محمد علي المتوكل - نائبا لمدير البحث الجنائي بالعاصمة صنعاء 7. العقيد عبدالقدوس لطف يوسف المتوكل - مساعداً لمدير أمن العاصمة صنعاء كما عينت الجماعة المسلحة، المئات من الضباط الموالين لها كمساعدين لمدراء الامن ومدراء لأقسام الشرطة في العديد من الإدارات الأمنية بمعظم محافظات الجمهورية . أخذ أموال طائلة لم تكتف الجماعة بالسيطرة على مؤسسات الدولة وفرض عناصر تابعة لها تتحكم في سير عمل الدول بل تأخذ أموال مقابل ما تسمية الحماية تعطى لجانها الشعبية فهي تأخذ أموال من جميع المؤسسات والشركات التي تسيطر عليها مقابل الحماية بل طال بها الحد الى الاخذ من الدبلوماسيين أموالا مقابل الدخول من صالة كبار الضيوف فقد نقلت رويتر ان السفارة الألمانية شكت لوزارة الخارجية اليمنية بأنه طلب من دبلوماسيتيها دفع ما يصل إلى 250 دولارا ليمروا من قاعة كبار الزوار في مطار صنعاء.
