عندما ترشح خيرت الشاطر لرئاسة مصر قبل حوالي 3 أشهر، قرر حزب الحرية والعدالة الذي يمثل جماعة الإخوان المسلمين في 7 أبريل 2012 الدفع بمحمد مرسي رئيس الحزب مرشحا احتياطيا، كإجراء احترازي خوفا من احتمالية وجود معوقات قانونية تمنع ترشح الشاطر مرشح الجماعة الأول للرئاسة. واستبعدت لجنة الانتخابات الرئاسية بالفعل الشاطر و9 مرشحين آخرين في 17 من أبريل.
وقالت جماعة الإخوان المسلمين في بيان إن مرسي سينافس على منصب رئاسة الجمهورية بديلا للشاطر، موضحة أن "المنافسة سوف تكون بنفس المنهج والبرنامج بما يحقق المصالح العليا للوطن ورعاية حقوق الشعب".
وأشار البيان الذي أصدره مكتب الإرشاد في الجماعة إلى أن "لديها مشروعات لنهضة الوطن في مختلف المجالات، وأن مرشحها يحمل هذا المشروع الذي يؤيده الشعب المصري، وتسعى إلى تحقيقه لتعبر مصر إلى بر الأمان، وتتبوأ مكانتها اللائقة بين الأمم والشعوب".
وولد مرسي في 20 أغسطس 1951 في قرية العدوة، مركز ههيا بمحافظة الشرقية.
ونشأ في قريته وسط عائلة مصرية بسيطة لأب فلاح وأم ربة منزل، وله من الأشقاء أختان وثلاثة من الأخوة، تفوق عبر مرحلة التعليم في مدارس محافظة الشرقية، وانتقل إلى القاهرة للدراسة الجامعية حيث معيدا ثم خدم بالجيش المصري ما بين عامي 1975و1976 كجندي بسلاح الحرب الكيماوية بالفرقة الثانية مشاة.
حصل مرسي على بكالوريوس الهندسة من جامعة القاهرة عام 1975 بتقدير امتياز مع مرتبة الشرف، وماجستير في هندسة الفلزات جامعة القاهرة 1978، ثم على ماجستير ودكتوراه في الهندسة في حماية محركات مركبات الفضاء خلال منحة دراسية من بروفيسور كروجر من جامعة جنوب كاليفورنيا 1982.
وعمل معيدا ومدرسا مساعدا بكلية الهندسة في جامعة القاهرة، ومدرسا مساعدا بجامعة جنوب كاليفورنيا وأستاذا مساعدا في جامعة كاليفورنيا "نورث ردج" بالولايات المتحدة بين عامي 1982 و1985، وأستاذا ورئيسا لقسم هندسة المواد بكلية الهندسة جامعة الزقازيق من عام 1985 وحتى 2010، وله عشرات الأبحاث في "معالجة أسطح المعادن".
انتمى مرسي لجماعة الإخوان المسلمين فكرا عام 1977 وتنظيميا أواخر عام 1979 وعمل عضوا بالقسم السياسي للجماعة منذ نشأته عام 1992.
وترشح لانتخابات مجلس الشعب 1995، وانتخابات 2000 ونجح فيها وانتخب عضوا بمجلس الشعب المصري عن الجماعة وشغل موقع المتحدث الرسمي باسم الكتلة البرلمانية للإخوان.
وفي انتخابات مجلس الشعب 2005 حصل على أعلى الأصوات وبفارق كبير عن أقرب منافسيه، ولكن تم إجراء جولة إعادة أعلن بعدها فوز منافسه.
وكان مرسي من أنشط أعضاء مجلس الشعب وصاحب أشهر استجواب في مجلس الشعب عن حادثة قطار الصعيد، وأدان الحكومة لتخرج الصحف الحكومية في اليوم التالي وتشيد باستجوابه، وتم اختياره عالميا كأفضل برلماني في الفترة ما بين 2000 و2005.
اعتقل مرسي في مايو 2006 لمدة 7 أشهر من أمام محكمة شمال القاهرة ومجمع محاكم الجلاء بوسط القاهرة، أثناء مشاركته في مظاهرات شعبية تندد بتحويل اثنين من القضاة إلى لجنة الصلاحية وهما المستشاران محمود مكي وهشام البسطاويسي بسبب موقفهما من تزوير انتخابات مجلس الشعب 2005.
كما اعتقل في سجن وادي النطرون صباح يوم جمعة الغضب 28 يناير 2011 أثناء ثورة 25 يناير مع 34 من قيادات الإخوان على مستوى المحافظات لمنعهم من المشاركة في جمعة الغضب وقام الأهالي بتحريرهم يوم 30 يناير بعد ترك الأمن للسجون خلال الثورة.
شارك مرسي في تأسيس الجبهة الوطنية للتغيير مع د. عزيز صدقي عام 2004، كما شارك في تأسيس الجمعية الوطنية للتغيير مع المعارض البارز محمد البرادعي عام 2010، كما شارك في تأسيس التحالف الديمقراطي من أجل مصر والذي ضم 40 حزبا وتيارا سياسيا 2011.
وانتخبه مجلس شورى الإخوان في 30 أبريل 2011 رئيسا لحزب الحرية والعدالة الذي أنشأته الجماعة بجانب انتخاب عصام العريان نائبا له ومحمد سعد الكتاتني أمينا عاما للحزب.
