أحالت نيابة جنوبالقاهرة الكلية برئاسة المستشارين تامر العربي وإسماعيل حفيظ، كلا من محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين والمهندس خيرت الشاطر نائب المرشد والقيادي الإخواني رشاد بيومي إلى محكمة الجنايات وأمرت بتجديد حبس كل من الدكتور سعد الكتاتني رئيس حزب الحرية والعدالة ومهدي عاكف مرشد الإخوان السابق 15 يوما في قضية التحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد بالمقطم خلال ثورة 30 يونيو. كما أمرت النيابة بسرعة ضبط وإحضار 9 آخرين منهم الدكتور عصام العريان وصفوت حجازي ووزير الشباب السابق أسامة ياسين ومحمود عزت. وكانت النيابة قد باشرت تحقيقاتها في جريمة مقتل 9 أشخاص من المتظاهرين وإصابة عشرات آخرين منهم بأسلحة نارية، أمام مقر مكتب إرشاد الإخوان مؤخرا، على خلفية المظاهرات الحاشدة التي انطلقت ضد الجماعة وحكم الرئيس المعزول محمد مرسي. واستكملت النيابة التحقيقات مع الشاطر وقيادات مكتب الإرشاد حول اتهامهم بالتحريض على قتل المتظاهرين أمام مكتب الإرشاد بالمقطم تزامناً مع أحداث ثورة 30 يونيو. وانتقلت النيابة إلى سجن شديد الحراسة بطرة لاستكمال التحقيقات، حيث رفض المهندس خيرت الشاطر استكمال التحقيقات، رافضاً التحدث إلى النيابة، زاعماً أن المستشار هشام بركات النائب العام الحالي لا يمثل النيابة العامة، وإنما المستشار طلعت إبراهيم النائب العام السابق والممثل الشرعي للنيابة. وكشفت تحقيقات نيابة حوادث جنوبالقاهرة الكلية برئاسة المستشار إسماعيل حفيظ، وإشراف المستشار طارق أبو زيد المحامي العام الأول لنيابات جنوبالقاهرة عن مفاجآت من العيار الثقيل، حيث تقدم أحد الصحفيين المكلفين بتغطية أحداث مقر جماعة الإخوان بالمقطم وأكد أمام النيابة أن أحد قيادات الجماعة الذي لم يرد اسمه في قائمة المتهمين ويدعى محمد البشلاوي كان موجوداً بالفعل داخل مقر مكتب الإرشاد أثناء الأحداث وكان يقود عملية إطلاق النيران على المتظاهرين من أعلى مكتب الإرشاد. كما كشف الشاهد عن مفاجأة أخرى، وهي مشاهدته لحذيفة عبد المنعم نجل الدكتور عبد المنعم أبوالفتوح رئيس حزب مصر القوية والقيادي السابق بجماعة الإخوان، كان يقف بجوار مكتب الإرشاد أثناء الاشتباكات، وأكد الشاهد في تحقيقات النيابة، أنهم كانوا بجوار مكتب الإرشاد أثناء الاشتباكات، وعقب حدوث إطلاق نار من داخل المقر قام أحد الضباط الموجودين أمام مكتب الإرشاد، والذي كان يرتدي ملابس مدنية بالدخول إلى المقر والتحدث مع الموجودين من أفراد الأمن، في محاولة منه لإنهاء ضرب النار، واستطرد الشاهد: وعقب خروجه سألناه عن الموجودين داخل مكتب الإرشاد، فقال إنه تقابل مع شخص يدعى محمد البشلاوى، وهو معروف لنا كصحفيين نعمل مع مكتب الإرشاد، حيث طلب البشلاوى من ضابط الشرطة عدم المساس بالمقر أو محاولة اقتحامه، مهددًا بقتل من يفعل ذلك، كما طلب منه أن يفرق المتظاهرين الموجودين أمام مكتب الإرشاد. وتابع الشاهد، أنه رأى بعينه شباب الإخوان الموجودين أعلى سطح مكتب الإرشاد، وهم يطلقون قنابل الغاز المسيل للدموع على المتظاهرين، ولكن لم يحدد شخصا بعينه، حيث إنه كان يقف بشارع الكورنيش يمين مكتب الإرشاد. وأضاف الشاهد أمام النيابة، أنه رأى حذيفة نجل الدكتور أبوالفتوح ومحمد عباس عضو ائتلاف شباب الثورة، والمفصول من جماعة الإخوان، بجوار مكتب الإرشاد، في محاولة منهم لإخراج الموجودين داخل مكتب الإرشاد، حيث قاموا بالاتصال بمهدي عاكف المرشد السابق للجماعة، ونقلوا له الصورة كما هي، والذي طلب منهم التصرف، حسبما يرون. واجهت النيابة المتهمين الأربعة بتقرير الطب الشرعي الخاص بالمجني عليهم الثمانية الذين لقوا مصرعهم خلال الأحداث أمام الإرشاد، حيث أثبت التقرير إنهم توفوا نتيجة إطلاق الرصاص عليهم من أعلى لأسفل بما يشير إلى إطلاق الرصاص عليهم من منطقة مرتفعة من مكتب الإرشاد بعد تصويب شباب الجماعة المحتمين بالمقر لطلقات أسلحتهم تجاه الأهالي المتجمهرين أمامه. كما واجهتهم النيابة بتقرير الأدلة الجنائية الخاص بالمضبوطات التى عثر عليها داخل مكتب الإرشاد خلال الأحداث، حيث عثر على طبنجة صالحة للاستخدام وإطلاق الرصاص، فضلاً عن وجود مواد سائلة وكيماوية أثبتت التحاليل أنها مواد حارقة، بالإضافة إلى الأعيرة الفارغة لطلقات نارية تم العثور عليها داخل مكتب الإرشاد. كما واجه المحقق قيادات الجماعة الأربعة بتحريات تكميلية لقطاع الأمن الوطني الذي أكد على عقد رموز الجماعة لقاءً داخل مقر الإرشاد قبل اندلاع تظاهرات 30 يونيو، وكشف التحريات أن لقاء قيادات الجماعة انتهى إلى ضرورة مواجهة تلك التظاهرات بالقوة وبما يستجد من أمور خلال تلك الأيام، وأنكر المتهمون ارتكابهم للوقائع المنسوبة إليهم، فعاد المحقق وواجههم من جديد بأقوال أهالي المجني عليهم والمصابين خلال الأحداث، والتي اتهمتهم بإمداد شباب الجماعة بالأسلحة والذخيرة لإطلاق النار على أبنائهم الضحايا، فأنكر المتهمون أقوالهم ووصفوها بالمغلوطة والمرسلة. يذكر أن المهندس خيرت الشاطر قد نفى في تحقيقات نيابة جنوبالقاهرة، علمه بوجود سلاح بمقر الإرشاد، وأن الأشخاص الذين كانوا موجودين من أفراد الجماعة ووجودهم شيء طبيعي. وأكد أن آخر اجتماع حضره بمقر مكتب الإرشاد بالمقطم كان يوم السبت قبل أحداث ثورة 30 يونيو، قائلاً: «لم نتطرق في الاجتماع إلى مناقشة أحداث وترتيبات القوى السياسية، نظراً لأننا جماعة دعوية ولنا حزب سياسي مسئول عن مناقشة هذه الأحداث السياسية»، مضيفاً أنه لا يذهب إلى مقر مكتب الإرشاد بشكل دائم، وإنما يذهب على فترات طويلة. وشدد الشاطر، في أقواله أمام النيابة، على أنه لو كان يعلم بحدوث تعد على المتظاهرين أو وجود أسلحة لتصدى لهذا الأمر ومنعه، مؤكداً أن الأمن الوطني يريد تشويه صورته أمام الرأي العام لأسباب خاصة، مشدداً على أن الإخوان جماعة لا تعرف العنف ولا تستخدمه وأنها تقوم على الدعوة فقط. ووجهت النيابة للشاطر عددا من التهم وهي التحريض على القتل والشروع في القتل لغرض إرهابي وحيازة وإحراز أسلحة وذخائر، لاستخدامها في قتل المتظاهرين، وتأسيس جماعة لغرض إرهابي منها تكدير الأمن والسلم العام.