عمل قوات تحالف دعم الشرعية في اليمن بشكل حثيث على منع انتقال التنظيمات الإرهابية مثل تنظيمي القاعدة وداعش الإرهابيين إلى المناطق التي تستعيدها قوات الشرعية، وذلك بعد تحريرها من المليشيات الحوثية وقوات المخلوع صالح، بالتوازي مع العمل على تحرير المزيد من المناطق من سيطرة التنظيمات الإرهابية التي تتلقى ضربات موجعة من التحالف بشكل مستمر. ووقع الشعب اليمني على مدى سنوات، تحت وطأة التنظيمات الإرهابية، التي نشأت في ظل نظام المخلوع، حيث برع في استغلال كل الأحداث المحلية والإقليمية، وجلب تلك التنظيمات، وهيأ لها الأجواء لتحقيق أهدافه الخاصة التي ترتكز التفرد بالسُلطة، وخلخلة المجتمع، بما يسمح لها بالاستمرار في الحكم لأطول فترة ممكنة. ولعل من أهم تلك التنظيمات تنظيم القاعدة الذي وجد في اليمن ملاذاً آمناً، بالإضافة إلى تنظيم داعش الإرهابي، والميليشيات الحوثية التي انتهجت استخدام السلاح منذ وقت مبكر. وخلال عام 2016م نجح تحالف دعم الشرعية في تحرير أجزاء كبيرة من منطقة الساحل الجنوبي، خاصة أبين وحضرموت وشبوه من سطوة التنظيمات الإرهابية، بعمليات نوعية دفعت هذه التنظيمات إلى التنقل في الصحاري، والمواقع المفتوحة، بعد أن ضاق الخناق عليها في المدن والمحافظات اليمنية. وتتبادل القاعدة وداعش الأدوار في استهداف المواقع التي تُسيطر عليها الشرعية، ويظهر ذلك جلياً في كم العمليات الإرهابية التي نفذت في 2015م وبداية 2016م التي أوقعت عشرات القتلى والمصابين من رجال الجيش الوطني، والقوات الأمنية، والمواطنين في عدن وغيرها من المدن الجنوبية، مقابل انعدام استهداف تلك التنظيمات لمواقع يسيطر عليها المليشيات الحوثية. وترتبط القاعدة في اليمن ارتباطاً وثيقاً بالمخلوع صالح، الذي أعطاها سابقاً موطئ قدم في كثير من المناطق، خاصة على السواحل الجنوبية، وتحديداً في حرب الانفصال عام 1994م، ثم في المواجهات والحروب التي خاضها مع جماعة الحوثي وصل عددها لستة حروب، كما كان يستخدمها ورقة ضغط على الدول الغربية لضمان تدفق المساعدات المالية والعسكرية. ومن الأدلة التي يقرأها كثير من المراقبين عن الدعم الذي تلقاه التنظيمات الإرهابية من المخلوع عندما كان في السلطة، حادثة الهروب الجماعي لقادة من تنظيم القاعدة من السجن في 2006م، والتبريرات التي أوردها النظام آنذاك، وذهبت إلى إقدام الهاربين على حفر أنفاق تحت السجن، بوسائل وأدوات بسيطة جداً، من بينها ملاعق الأكل، وهو ما فسر بأنه رسالة واضحة لدعم التنظيم، وتحضيره لاستخدامه في عمليات وأحداث وقعت بالفعل الأعوام التالية. وكانت وسائل إعلام عالمية، قد نشرت في وقت سابق رسائل عُثر عليها في منزل زعيم القاعدة السابق أسامة بن لادن في باكستان، بعد قتله من قبل قوة أميركية خاصة، توصي أتباعه باعتبار اليمن واحداً من الملاذات الآمنة للتنظيم، وتُشير بوضوح إلى دور للمخلوع صالح في مساعدة التنظيم.
