يلجأ العديد من الناس إلى استخدام جهاز الميكروويف لتسخين الطعام كونه يوفّر لهم الوقت والمجهود، ولكن لا يخلو هذا الجهاز من المخاطر الصحية، لذلك يجب اتباع بعض الإرشادات قبل استخدامه. فجهاز الميكروويف يُعد حلّاً سريعاً لتسخين الأطعمة، ولكن هناك دائماً جدلاً حول ما إذا كان لاستخدام الميكروويف ضرر صحّي. وقد حدّد الخبراء تلك المخاطر، فبشكل عام لا يجب اللجوء إلى الميكروويف لتسخين كل شيء، فتسخين البيض مع قشرته قد ينفجر في الميكروويف بسبب ضغط البخار، كما أن الحرارة الصادرة من الميكروويف تتفاعل مع الفلفل الحار أثناء تسخينه وتؤدّي إلى تشكيل مادة قد تحرق العيون والحلق. كما أن تسخين الأكل في الميكروويف قد يؤثّر على جودته وقيمته الغذائية، فيجب الامتناع عن تسخين الطعام في الأواني المغلقة كالزجاج، ويجب فتحها قبل وضعها داخل هذا الفرن، إضافة إلى عدم وضع أدوات معدنية كالملعقة أثناء التسخين. ويجب عدم تسخين الأطعمة في أوعية بلاستيكية أو المغطّاة بأغطية بلاستيكية، فعند تسخين هذه الأطعمة في الميكروويف تتكوّن مواد كيمياوية ضارة من البلاستيك وتتفاعل مع الأطعمة ما قد يسبّب العديد من الأمراض وفي مقدّمتها السرطان. وينصح الخبراء بعدم استخدام الأواني المعدنية ورقائق الألمنيوم لطهي وتسخين الأطعمة داخل الميكروويف، حيث من الممكن أن يسبّب ذلك حريقاً داخل هذا الفرن.