لم يخف الإخوان المسلمين موقفهم في حروب مصر المتعددة مع اسرائيل، إلا في العدوان الثلاثي عام 1956 حين هاجمت بريطانيا وفرنسا واسرائيل مصر، إذ تعاملوا في تلك الفترة بانتهازية شديدة مدّعين "الحياد" كما وصف بعض المؤرخين موقفهم في تلك الفترة، وإن كانوا ينتظرون هزيمة حكومة الثورة وقتها. رفض الإخوان، وجناحهم المسلح، المشاركة في المقاومة الشعبية في بورسعيد ومدن القناة في حرب 56 على اعتبار أن ذلك كان سيعتبر دعما لحكم ضباط ثورة يوليو. حتى المشاركة في التعبئة الشعبية تقاعسوا عنها، كما يكتب يوسف القرضاوي في موقعه على الانترنت: "وما هي إلا أيام حتى جاءتني برقية من وزارة الأوقاف تطلب إلي أن أحضر بسرعة إلى القاهرة لأتسلم منبر الأزهر، لرفع الروح المعنوية في الشعب في هذه المرحلة الخطيرة في تاريخ مصر.... بيد أني لم أتجاوب مع هذه البرقية، وقلت في نفسي: إنهم يستنجدون بي الآن، حتى إذا انكشفت الغمة طرحونا وراءهم ظهريا!". في حرب 67، لم يخف الإخوان فرحتهم بهزيمة مصر، واعتبروا ذلك عقابا لحكومة جمال عبد الناصر على تدخلها في اليمن. كما اعتبروا هزيمة مصر "عقابا سماويا انتقاما لحملة حكومة الثورة على الإخوان". ويتذكر المصريون قول الشيخ الشهير محمد متولي الشعراوي في مقابلة تلفزيونية مع الراحل طارق حبيب أنه "سجد لله شكرا لهزيمة مصر" وبرر ذلك بأنه لم يرد أن تنتصر مصر وهي "في حضن الشيوعية". لخص المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين محمد بديع في رسالته الاسبوعية في يونيو عام 2011، التي واكبت ذكرى النكسة بقوله: "بعد كل تنكيل بالإخوان كان الانتقام الإلهي سريعاً، فعقب اعتقالات 54 كانت هزيمة 56، وبعد اعتقالات 65 كانت الهزيمة الساحقة في 67". وجعل إعلام حزب الحرية والعدالة، ذراع الإخوان السياسي، من ذكرى النكسة العام الماضي إبان حكم محمد مرسي فرصة للتشفي من حكومة مصر في تلك الفترة. في السادس من أكتوبر 1981، وأثناء العرض العسكري السنوي احتفالا بانتصار الجيش المصري على اسرائيل عام 1973، اغتالت عناصر من الجماعة الاسلامية (المنبثقة من عباءة الإخوان) الرئيس المصري الأسبق محمد أنور السادات. وقد عبر المصريون العام الماضي عن استئيائهم حين اصطحب الرئيس الإخواني محمد مرسي قتلة السادات، الذين أفرج عنهم من السجون في عهده، معه في احتفالية باستاد القاهرة.
