كعادته في المراوغة وعدم الوضوح في الموقف والتي يتخذها منهجا في عدم ادانة الأفعال الاجرامية التي يرتكبها أنصار الشريعة ومقاتلي تنظيم القاعدة في جزيرة العرب تجنب الشيخ " أحمد بن حسن المعلم" ادانة جريمة ذبح أربعة عشر جنديا يمنيا ذبح الشياه في وادي وهي الجريمة التي تقشعر منها أبدان من لا دين له من خلق الله فكيف بمن يدعي احتكار معرفة دين الله الذي أنزله على سيد الخلق محمد بن عبدالله عليه على آله أفضل الصلاة والسلام . وتصريحاته في رفض الحرب على القاعدة وأنصار الشريعة في أبين وشبوه منذ قرابة الثلاثة أشهر من الشواهد القوية على تعاطفه مع تنظيم القاعدة وأنصار الشريعة وله أسلوبه المشهور في التهرب والمراوغة وعدم الادانه لأعمال العنف والقتل التي تمارسها هذه التنظيمات . والشيخ المعلم أبرز دعاة ورعاة نشر الفكر التكفيري الضلالي في حضرموت رضع لبن العنف وتكفير عباد الله المسلمين في كنف جهيمان بن سيف العتيبي في جامعة المدينةالمنورة الاسلامية واستباحوا بقيادة جهيمان العتيبي وانصارهم حجاج بيت الله الحرام في حج العام 1400 الهجري في الحادثة الشهيرة التي قتل فيها آلاف من الحجيج وجنود الأمن والجيش السعوديين وأعدم بعدها جهيمان العتيبي وأكثر من 60 مجرما من أتباعه وتم طرد أو ايقاف مدرسيهم الشيخ الالباني والشيخ أبوبكر الجزائري وسجن زميله الشيخ مقبل الوادعي لعدة سنوات في السعودية . وكان الشيخ العلامة أحمد بن حسن المعلم، نائب رئيس هيئة علماء اليمن رئيس اتحاد علماء ودعاة المحافظات الجنوبية، قد أكد في تصريح نشره موقع الامناء حمل فيه السلطة مسئولية ما يجرى في وادي حضرموت حاليا هو ما حذر منه سابقا وطالب بتجنيب محافظة حضرموت تلك المعارك والخلافات التي ليس لها فيها ناقة ولا جمل، وأن الواضح من تلك الأعمال أنها مؤامرة تم التخطيط لها سابقاً وتم الإتيان بتلك الجماعات حتى يتم التنفيذ في حضرموت. وقال المعلم: "إن مصداقيتكم قد سقطت وشعبيتكم قد انتهت وأمل الناس فيكم قد نفد ودعوات المظلومين والمتضررين والمقهورين تتصاعد إلى السماء، وهي من أقوى عوامل سقوط الدول، فقد جربتم كل السبل واتخذتم كل الوسائل فلم ينفع ذلك، فلماذا لا تجربون الصدق مع الصلح والاستعانة بالله والسير على منهاجه، لعل الله أن ينقذنا وينقذكم والبلاد عامة". وطالب المعلم القاعدة بان: "غيروا أسلوبكم خذوا طريقاً آخرَ جربوا جهاد العلم والدعوة، ضعوا أيديكم في أيدي آبائكم وإخوانكم من العلماء والدعاة والمصلحين الذين يريدون الخير للجميع، إنكم بأعمالكم هذه تتحملون جزءاً كبيراً من وِزر ما يعانيه الناس من الخوف والرعب والأذى والظلم ".
