قالت جمعية شباب البحرين لحقوق الإنسان أنها تتابع بقلق بالغ قيام وزارة العدل البحرينية بإبلاغ محمد المسقطي - طالب جامعي 21 سنة، رئيس إدارتها وعضو إقليمي في منظمة الدفاع الدولية النرويجية - بالمثول أمام المحكمة الجنائية الصغرى الرابعة في 6 نوفمبر 2008 و ذلك بصفته متهما في قضية جنائية (مباشرة نشاط جمعية قبل الترخيص لها) و قد رفعت الدعوى وزارة الشئون الاجتماعية و في حالة إدانة المحكمة يعاقب فيها المسقطي بستة أشهر على أقصى احد أو بغرامة مالية قدرها 500 دينار بحريني أو بالعقوبتين معاً. وكانت النيابة العامة البحرينية أحالت أوراق القضية في 24 سبتمبر 2007 إلى المحكمة الجنائية الصغرى الرابعة و التي يتهم فيها «محمد المسقطي» -بصفته رئيس جمعية شباب البحرين لحقوق الإنسان - و ذلك بسب ممارسة نشاط الجمعية قبل الترخيص لها . وفي 27 نوفمبر 2007 حضر المسقطي إلى قاعة المحكمة و مثل أمام القاضي و قد تلا القاضي على المسقطي التهمة الموجهة له و سمح له بالدفاع عن نفسه، وقد دافع المسقطي عن نفسه بالقول: «إن من حق الفرد أن يؤسس له التجمعات التي تدافع عن حقوق الآخرين و تحميهم من الانتهاكات، وإن تأسيس الجمعية جاء بناء على الاتفاقيات الدولية التي صادقة عليها الحكومة البحرينية و التي من ضمنها السماح للتجمعات السلمية»، وتم تأجيل القضية إلى 21 يناير 2008، وهو التاريخ الذي صادف إجازة لمؤسسات الدولة، و قد أشار محامي المسقطي حينها بأن وزارة العدل أوقفت القضية و لم تحدد لها تاريخ آخر . وفي 4 يونيو 2008 أبلغت وزارة العدل البحرينية المسقطي بضرورة المثول أمام المحكمة في 6 نوفمبر 2008 في المحكمة الجنائية الصغرى الرابعة بسبب القضية التي حملت نفس الاتهامات ورقماً آخر هذه المرة. وقد أصدرت العديد من منظمات حقوق الإنسان الإقليمية والدولية بيانات الاستنكار بسبب استهداف ناشطي حقوق الإنسان، و مع تزامن مراجعة سجل البحرين الشامل في مجلس حقوق الإنسان، وأيضا ترشيح البحرين لعضوية المجلس، أدى إلى إيقاف القضية مؤقتا لحين الحصول على المكاسب الحقوقية العالمية و الحصول على الإشادة الدولية بسجل البحرين الحقوقي . وتطالب جمعية شباب البحرين لحقوق الإنسان -بحسب بيان لها حصل «يمنات» على نسخة منه بإلغاء محاكمة الناشط محمد المسقطي والسماح له بممارسة نشاطه بحرية، مؤكدة على ضرورة التزام الحكومة البحرينية بتعهداتها أمام مجلس حقوق الإنسان بحماية الناشطين العاملين في مجال حقوق الإنسان و الحريات . كما تطالب الجمعية من المنظمات الدولية و الإقليمية مناشدة السلطات بحماية الناشط المسقطي و الدفاع عن الناشطين في مجال حقوق الإنسان و توفير الحماية القانونية لهم لممارسة عملهم بحرية في خدمة مجال حقوق الإنسان على الصعيد الوطني و الإقليمي.