استقال أكثر من 23 إعلامياً من طاقم الجزيرة في مصر، وذلك بسبب ما وصفوه بالانحياز وعدم المهنية في تغطية الأحداث التي وقعت في يوم 30 من يونيو والتي أطاحت بالرئيس المعزول محمد مرسي. وكان قد استقال من طاقم الجزيرة في غضون أزمة الربيع العربي العشرات من الإعلاميين والمراسلين لذات الأسباب. واتهم حجاج سلامة أحد المستقيلين على خلفية الانتفاضة الأخيرة القناة " ببث الأكاذيب وتضليل المشاهدين"، وقال كارم محمود أحد الطاقم إنه غادر بسبب "التغطية المتحيزة"، مضيفاً أنه "يشعر بوجود شيء ما خطأ في طريقة التغطية وخصوصاً في الوقت الحالي ، فإن مصر الآن تمر بمرحلة حرجة تتطلب منا الكثير من التدقيق فيما نبثه" حسب قوله. موضحاً بأن الإدارة في الدوحة تثير الفتنة بين الشعب المصري كما أن لها أجندة ضد مصر ودول عربية أخرى، وأضاف أنه تم إضافة نكهة إخوانية لإدارة القناة. وفي السياق قال الصحفي عبد اللطيف المناوي، الذي كان رئيس مركز أخبار مصر في عهد الرئيس المعزول حسني مبارك، إن قناة الجزيرة كانت "قناة دعاية" للإخوان ، كما ذكر أنها حولت نفسها إلى قناة لجماعة الإخوان المسلمين. مضيفا أنها بعيدة كل البعد عن المهنية. وقال ستيفن ستالينسكي، المدير التنفيذي لمعهد بحوث إعلام الشرق الأوسط بواشنطن (ميمري(، وهي المنظمة التي تراقب وسائل الإعلام العربية وتصف نفسها بأنها غير حزبية، قال بأن "قناة الجزيرة "بالتأكيد اتخذت الجانب المؤيد لمرسي" في تغطية مصر. وكانت سلسلة الأخطاء المهنية في عامي 2011م و 2012م نتجت عنها استقالات بأعداد كبيرة، بدءاً من مدير مكتب المحطة في بيروت غسان بن جدو، مروراً بموسى أحمد وعلي هاشم في دمشق، وها هو الأمر يمتد ليطول إعلاميي القناة في عواصم أجنبية، أولهم مراسل"الجزيرة " في موسكو محمد حسن، ومدير مكتب القناة في طهران ملحم ريا، وآخرهم مدير مكتب برلين أكثم سليمان، وكل ما يجمع هذه الاستقالات أنّها جاءت رداً على "تورّط" القناة في الملف السوري. وذكرت إحصائيات أن قناة الجزيرة خسرت خمسين مليون مشاهد من أصل ستين مليون مشاهد بسبب تغطيتها غير المهنية منذ أبريل 2011م. وكانت قناة الجزيرة قد تأسست في الدوحة عام 1996م ، وتتلقى تمويلها من أمير قطر.
