اعطى الدور الإماراتي الداعم للمجلس الانتقالي الجنوبي -ذي التوجه الانفصالي- في مواجهة شرعية الرئيس اليمني عبد ربه منصور هادي، زخما إضافيا لدعوات الانفصال في اليمن، لكنه أثار في المقابل العديد من التساؤلات عن أهداف أبو ظبي من وراء دعم الانفصاليين والدفع بهم للانقلاب على الحكومة الشرعية. وكان رئيس المجلس الانتقالي عيدروس الزبيدي -الذي أقاله هادي من منصب محافظ عدن- قد هدد في تصريحات صحفية بأن المجلس سيتولى إدارة الجنوب إذا فشلت حكومة الشرعية في القيام بالتزاماتها ورفع المعاناة عن الناس، مذكرا بسيطرة المجلس والمقاومة الجنوبية على الأرض. وتشهد عدن -العاصمة المؤقتة لليمن- احتقانا سياسيا وأمنيا كبيرا عقب الدعوات التي وجهها المجلس الانتقالي لرفض قرارات الرئيس هادي والتي قضت بإقالة ثلاثة محافظين من مناصبهم منضوين في إطار المجلس. وبرز الدعم الإماراتي للعلن عقب تفاقم الصراع بين هادي وحكومة أبو ظبي التي تسيطر قواتها على مدينة عدن ومدن يمنية جنوبية أخرى بالاشتراك مع قوات "الحزام الأمني" المدعومة من الإمارات، والتابعة للحراك الجنوبي الذي يطالب بالانفصال. مشروع إماراتي ورأى مراقبون أن تشكيل "الانتقالي الجنوبي" الذي أعقب الصراع، كان إحدى الأدوات التي اعتمدتها الإمارات خطوةً تكتيكية لإدارة تدخلها في هذا الجزء الحيوي من البلاد، أكثر من كونه دعما يحقق حلم الانفصاليين في إقامة دولتهم الجنوبية. وقال الباحث السياسي ياسين التميمي للجزيرة نت إن الإمارات في إدارة الصراع بالمحافظات الجنوبية تتوسل الأجندة الأميركية لمكافحة الإرهاب، كما تتوسل النزعة الجنوبية للانفصال لإبقاء الجنوب مفتوحا على احتمالات الصراع. ويعتقد التميمي أن الأجندة الانفصالية التي تحددت ملامحها عبر سنوات من الحراك السلمي في الجنوب، قد تبددت اليوم لصالح المشروع الإماراتي الذي لا يهتم بإعادة رسم جغرافيا الجنوب على نحو ما يريده الانفصاليون، وإنما على نحو ما يتفق مع مصالح ومتطلبات ترسيخ القوة الإقليمية الصاعدة التي يحاول -بحسب التميمي- ولي عهد أبو ظبي الشيخ محمد بن زايد بناءها وتأكيد حضورها، مستغلا الفوضى التي تكرسها الثورة المضادة المدبرة والممولة من أبو ظبي بمباركة واضحة من الرياض وبعض عواصم المنطقة. وأضاف أن أبو ظبي تسعى لإبقاء دور الحكومة الشرعية ونفوذها مقوَّضين لتأمين الأجواء الملائمة التي تمكنها من بناء نفوذها الخاص في الجنوب وسواحله وموانئه، إلى جانب الهيمنة على منطقة جنوبالبحر الأحمر بعد عزلها عن عمقها الجغرافي والبشري بمحافظة تعز. مؤتمر صحفي سابق للمجلس الانتقالي الجنوبيبعدن هدد فيه بتأمين الجنوب وإدارته (الجزيرة نت) وكان بيان الإعلان عن المجلس الانتقالي قد حدد مهامه باستكمال إجراءات تأسيس هيئات المجلس وإدارة الجنوب، وتمثيله داخليا وخارجيا، فضلا عن استمرار الشراكة مع التحالف العربي لمواجهة "المد الإيراني في المنطقة"، وكذلك الشراكة مع المجتمع الدولي في الحرب على "الإرهاب". من جانبه، اعتبر الباحث المتخصص في القضية الجنوبية عبد الناصر المودع أن "الانتقالي الجنوبي" أحد مظاهر ضعف واهتراء السلطة في اليمن، واستغلال حالة الفراغ السياسي الناتج عن رخاوة السلطة وغياب الرؤية الواضحة لدول التحالف في اليمن. وقال للجزيرة نت إن هذا المجلس لا يمتلك الشرعية القانونية ولا القوة السياسية ولا التأييد الداخلي والخارجي، الأمر الذي يجعل من المستحيل على الانفصاليين الحصول على اعتراف دولي لسلطتهم أو حق تقرير المصير. وأضاف أن هشاشة المشروع الانفصالي يمكن استخلاصها من خلال فشل أصحاب هذا المشروع في إنجاحه خلال الفترة الماضية، ولهذا فإنه عرضة للهزيمة حين تنتبه السعودية لخطورته وحين تتغير السلطة الفاشلة التي خلقت الفوضى والعجز في اليمن. ورقة ضغط بدوره، رأى الكاتب الصحفي عبد الرقيب الهدياني أن ممارسات دولة الإمارات لم تعد منسجمة كليا مع الأهداف المعلنة للتحالف العربي الداعم للشرعية، وأنها تتصادم مع هادي وحكومته والمكونات التابعة للشرعية في وثائق مشهودة بعدن والمناطق المحررة إجمالا وفي تعز أيضا. وقال للجزيرة نت إن هناك شواهد كثيرة غير مفهومة تقف خلفها دولة الإمارات منها تشكيل أجهزة أمنية لا تخضع للحكومة الشرعية وسجون سرية فيها آلاف المعتقلين والمخفيين، فضلا عن رعاية ودعم التمرد الصريح على الشرعية من خلال ما سمي بالمحلس الانتقالي الجنوبي الذي يتبنى الانفصال. وأضاف "لا أعتقد أن الإمارات صادقة في تبني دعوات الانفصال، فليس من مصلحتها ولا مصلحة السعودية قائدة التحالف، لكن أبو ظبي تستخدم تلك الورقة للضغط على هادي والحكومة الشرعية لتحقيق أجندة خاصة". وذكر من تلك الأجندة السيطرة على جزر يمنية إستراتيحية مثل جزيرة ميون المطلة على مضيق باب المندب وجزيرة سقطرى، وبناء قواعد عسكرية فيها، فضلا عن السيطرة على الساحل الغربي في المخا ومنطقة ذوباب، التي شرعت الإمارات بإخلائها من السكان ومن أي وجود للقوات اليمنية والسيطرة عليها.
