أدانت أسرة الدكتور أحمد شرف الدين، وعشرات المقربين والحقوقيين، المحاكمة السرية لعدد من المتهمين باغتياله، دون علم أسرته. وقالت المصادر ل " المشهد اليمني "، أن قضية الدكتور أحمد شرف الدين هي قضية رأي عام ، ولا يجوز أن يتم التعاطي معها في غرف مغلقة ومظلمة؛ اذ لا يمكن القبول بمحاكمة سرية مغلقة في القضية التي تعتبر قضية رأي عام، كما لايمكن القبول بمحاكمة بهذا الحجم من التستر حتى أولاد الشهيد شرف الدين لا يعلمون أي خبر عن هذه المحاكمة . وأشارت إلى أن المحكمة الجزائية المتخصصة مطعون في عدم دستوريتها منذ عقود ، مستغربين إستمرار استخدامها إلى يومنا هذا كأداة لتغييب العدالة. وأكدت المصادر على أن الجريمة التي ارتكبت في حق الدكتور شرف الدين مستمرة باستمرار التستر على الجناة وجميع المشاركين، و لا يمكن أن تمرر محاكمتها بهذا الاستخفاف، خاصة أن الجريمة تم إدانتها من جميع المكونات السياسية، ومبعوث الأمين العام للأمم المتحدة، والأمين العام للأمم المتحدة، وممثلوا الدول العشر في حينه، ولا يمكن التسليم بدفن القضية بهذا الخفة التي تزيد من الريبة. وكانت المحكمة الجزائية الإبتدائية بصنعاء أصدرت حكما ضد متهمين باغتيال الدكتور احمد شرف الدين، الذي اغتيل في العاصمة صنعاء أثناء فعاليات مؤتمر الحوار الوطني الشامل الذي انقلبت المليشيا الحوثية على مخرجاته وقادت اليمن نحو الحرب.