قبل عدة أشهر أو عامٍ ونيف لقي تطبيق الواتس آب من مجموعة كبيرة من الإنتقادات التي وجهت له من قبل خبراء أمنيين ودارسين بسبب عدم تشفيره للرسائل المتداولة بين المستخدمين نهائياً. حيث كانت تخرج الرسائل وتصل كما هي دون أي عملية تشفير مما يسهل على المتتبعين أو شركات الاتصالات أو الإنترنت معرفة كل ما تقوم بإرساله واستقباله بسهولة تامة. إلا أن القائمين على التطبيق قاموا بإجراءات احترازية بتشفير الرسائل المتداولة مما أثار موجة من الارتياح بين المستخدمين وأعادوا الثقة لاستخدام التطبيق. اليوم مشكلة جديدة تطفو على السطح تتعلق أيضاً بالواتس آب وتشفيره للرسائل، حيث قال الباحث والدارس لعلوم الحاسب والرياضيات في جامعة أوتراخت الهولندية Thijs Alkemade أن تشفير الرسائل في تطبيق الواتس آب ليس كافيًا لردعِ المخترقين أو المتتبعين من اختراق الرسائل وفكّ تشفيرها بكل سهولةٍ إذا ما استطاعوا الولوج للشبكة التي تستخدمها لإرسال واستقبال الرسائل للواتس آب. كما دعا إلى التوقف عن استخدام التطبيق حتى يتم حل المشكلة وتقوية نظام التشفير، ولم ينتقد Thijs واتس آب فقط بل قدم أيضاً اقتراحات لتقوية نظام الحماية الخاصة بهم عندما دعا لاستخدام شيء يسمى TLS أو (أمن طبقة النقل) وهي الوسيلة التي يستخدمها تطبيق BlackBerry Messenger لحماية المحادثات بين المستخدمين.