قرر خالد شيخ محمد والمتهمون الأربعة الآخرون بالتخطيط لعميات الحادي عشر من سبتمبر بتأجيل الإعلان عن ذنبهم أو برائتهم بعد أن قامت الحكومة الأمريكية باتهامهم بارتكاب جرائم حرب في محكمة عسكرية في غوانتانامو. وقاطعَ خالد شيخ محمد والمتهمون الاربعةُ الآخرون معظمَ إجراءات المحكمة العسكرية في غوانتانامو ورفضوا الإجابة عن أسئلة القاضي عندما سألهم إن كانوا يقبلون بالمحامين الذين عينوا لهم من قبل وزارة الدفاع. لكن جلسة المحكمة لم تكن هادئة، حيث قام المتهم اليمني رمزي بن الشيبه بالصراخ أمام القاضي قائلاً: "لقد انتهى زمن القذافي لكن هناك قذافي في معتقلات غوانتانامو"، و من ثَم اضاف "ربما سيقتلونني ويقولون انني انتحرت". في وقت آخر قام بن الشيبه بالصلاة واقفاً وراكعاً بصورة متكررة، الأمر الذي دفع القاضي للصمت بذهول. وتم نقلُ المتهم السعودي وليد بن عطش إلى قاعة المحكمة وهو مقيدٌ وعلى كرسي؛ وذلك لرفضه الاولي الحضورَ الى المحكمة ولكن القاضي امر الحراسَ بإزالة قيودِه بعد ان وعد محاميه انه سيحترم نظامَ المحكمة. وقام محامو المتهمين برفع اعتراضاتهم للقاضي قائلين إنهم يريدون التحدث عن التعذيب الذي تعرض له موكلوهم في الاعتقال مصممين على ضرورة فعل ذلك الان، رغم اعتراضات القاضي العسكري الذي قال ان الوقت غيرُ مناسبٍ لذلك "ستتاح لك الفرصةُ لاحقا للتحدث عن كل ذلك لكن ليس الان." قال القاضي. اما محامية وليد بن عطاش شيريل بورمان و التي اتت الى قاعة المحكمية مرتدية حجاباً اسودَ رغم عدم ارتدائها للحجاب في العادة فطلبت من محاميات الادعاءِ الالتزامَ "بلباس محتشم" قائلة انها لا تريد ان يضطر موكلهُا الى تجنب النظر الى المحاميات الاناث لخوفه من ان يرتكب "ذنبا" كما قالت. المتهمين يرفضون في نفس الجلسة رفض المتهمين لباس سماعة اذن للترجمة الامر الذي ادى الى استخدام الترجمة المتعاقبة، بدل من الفورية، و الى اطالة فترة الجلسة بالضعف انتظار للترجمة للغة العربية. محامو الدفاع اعترضوا قبل الجلسة و امام الصحافيين قائلين ان هناك معايير للسرية في النظام العسكري اصعب بكثير من المعايير في النظام الفدرالي، فهناك امر قضائي يجعل كل تصريح يقوله المعتقل مصنف بالسري و لا يمكن للمحاميين التحدث عنه امام الاعلام، و هم يقولون ان النظام الفدرالي اكثر "انتقائية". المحامون يقولون ايضا ان لديهم صعوبة في الوصول الى -و الاتصال مع- موكلهيم. لكن الحكومة تقول ان فقط خمسة عشر بالمئة من ثمانين رحلة الجوية تركت واشنطن الى جوانتانامو تم استخدامها من قبل الدفاع. و الباكستاني خالد شيخ محمد، و ابن اخته علي عبد العزيز علي و معتقلان سعوديان هما وليد بن عطاش و مصطفى الحوساوي و معتقل يمني هو رمزي بن الشيبه متهمون بالتخطيط لاكبر عملية ارهابية في تاريخ الولاياتالمتحدة. التهم تشمل التآمر مع تنظيم القاعدة، قتل المدنيين، استهداف المباني المدنية، القتل في مخالفة لقواعد الحرب و الخطف و الارهاب. وثيقة الادعاء تحمل اسماء ضحايا الحادي عشر من سبتمبر واحدا واحدا. القتل ُفي مخالفةٍ لقوانين الحرب اشدُ التهم التي يواجهها محمد و الذي اعتقل قبل تسعةِ اعوام و نقل في سجون السي اي اي السرية الى ان وصل الى معتقل جانتنامو عام الفين و ستة. محمد هو واحدٌ من بين ثلاثة معتقلين اعترفت الولاياتُالمتحدة باخضاعهم للتعذيب عن طريق الاغراق. تقرير لوكالة الاستخبارات المركزية الاميركية كُشف عنه عام الفين و تسعة يشير الى انه تم اخضاع شيخ محمد للاغراق مئة و ثلاثة و ثمانين مرة. و هذه الفوضى و التي وصفت "بالسيرك" ليست جديدة على جلسات المحكمة التي حضرها المتهمون في اعوام سابقة عندما اتهموا تحت ادارة بوش عام الفين و ثمانية. في تلك الوقت قال خالد شيخ محمد انه يريد ان يعلن عن ذنبه و يريد الشهادة كما قال.
