ردت قناة الجزيرة القطرية على قرار الجيش بإغلاق مكتبها في العاصمة المصرية القاهرة بتغطية شاملة وبث مباشر لتظاهرات جماعة الأخوان المصرية في ميدان رابعة العدوية, ويظهر بث قناة الجزيرة مجموعة من مؤيدي مرسي يتظاهرون بشكل سلمي ويطغى على شريط الأخبار العاجلة فيها مقتطفات من تصريحات لقيادات من جماعة الأخوان, ومن المعروف أن قناة الجزيرة القطرية تتبنى حملة إعلامية واسعة لدعم الجماعات الإسلامية المعارضة في سوريا ومصر وعدد من الدول العربية. وتصف قناة الجزيرة مايجري في مصر بالأزمة تارة وبالإنقلاب العسكري تارة أخرى, ويصف محللون وأعلاميون موقف قناة الجزيرة من ما يجري على مستوى الساحة العربية بغير المهني نظراً لإنحيازها الواضح للجماعات الإسلامية على حساب رسالتها الإعلامية والمهنية, حد وصف بعض المحللين. ويرى أعلاميون أن حرص قناة الجزيرة على إظهار الجانب السلمي لتظاهرات مؤيدي مرسي وأغفال صور وأحداث تنقلها عدد من القنوات الأخبارية العربية والعالمية عن مواجهات مسلحة بين جماعة الأخوان وقوات الأمن والجيش المصري في عدد من المحافظات وعلى رأسها الأسكندرية وسيناء, يرون أن هذا يعد نوع من رد الفعل الغير مهني حد تعبيرهم على الأجراء الذي اتخذته القيادة المصرية الجديدة بإغلاق مكتبها في القاهرة.