وقد دبت خلافات بعد تاسيس هذه المدرسة بين سهى وليلى. واصدر بن علي في 14 آب/اغسطس 2007 امرا بنزع الجنسية التونسية التي كانت منحت لسهى عرفات وتم طردها من البلاد. بدأ الإخوان المسلمين في تونس تصفية حساباتهم مع خصومهم السياسيين على المستوى التونسي والعربي وكل من له علاقة بهم , ودشنت جماعة الإخوان المسلين في تونس هذه الحملة بأرملة الزعيم الفلسطيني ياسر عرفات " سهى عرفات" التي كانت ضحية النظام السابق بتونس بعد ان دخلت في خلافات مع ليلي الطرابلسي زوجة الرئيس الأسبق زين العادين بن علي وأجبرت على التنازل عن حصتها لاحدى قريبات ليلى الطرابلسي, غير ان اعتبارات الامتداد الفكري لجماعة الإخوان المسلمين الى غزة قذف بأرملة ياسر عرفات إلى قائمة تصفية الحسابات للاخوان , فبعد اقل من اسبوع على فوز حزب النهضة " الاخوان" بالانتخابات التونسية حتى أصدر القضاء التونسي مذكرة توقيف دولية بحق سهى عرفات أرملة الزعيم الفلسطيني الراحل ياسر عرفات الملاحقة في قضية فساد. وأكد المتحدث باسم وزارة العدل التونسية لوكالة فرانس برس صدور مذكرة التوقيف التي تناقلتها الصحف التونسية في وقت سابق، موضحا أن القضية تتعلق ب "المدرسة الدولية بقرطاج" التي أسستها سهى مع ليلى الطرابلسي. وأكدت سهى عرفات زوجة الرئيس الفلسطينى الراحل "ياسر عرفات" ، على أنها ليست لها أية علاقة بالمدرسة الدولية بقرطاج ، حيث تنازلت عن حصتها فيها لأسماء محجوب ابنة أخت ليلى الطرابلسى زوجة الرئيس التونسي المخلوع . وقال متحدث رسمي باسم وزارة العدل التونسية ان القضاء التونسي اصدر مذكرة توقيف دولية بحق سهى عرفات ارملة الزعيم الفلسطيني الراحل ياسر عرفات، الملاحقة في قضية فساد. وقد أكد المتحدث باسم وزارة العدل التونسية لوكالة فرانس برس صدور مذكرة توقيف ضد سهى عرفات تحدثت عنها الصحف التونسية. لجنة تقصي الحقائق حول الفساد تعثر على أموال ومجوهرات وأسوار ذهبية وعقود فريدة في قصر بن علي بسيدي بوسعيد وقالت الصحف ان سهى عرفات ملاحقة في قضية فساد تتعلق ب "المدرسة الدولية بقرطاج" التي كانت اسستها مع ليلى الطرابلسي زوجة الرئيس المخلوع زين العابدين بن علي. واستقرت سهى اثر ذلك في مالطا. وكانت سهى عرفات تعمل في مكتب ياسر عرفات خلال فترة اقامته في تونس (1982-1994) وتزوجت به في 1990. وبعد وفاة عرفات في 2004، عادت سهى واستقرت في تونس حيث منحت الجنسية التونسية.
