رفضت حركة المقاومة الإسلامية "حماس" فكرة وجود صلة بين تنظيم القاعدة والنشطاء في غزة ودعت مصر الى تقديم أدلة تدعم اتهامها لتنظيم جيش الإسلام بتدبير تفجير كنيسة القديسين في الإسكندرية. وقال طاهر النونو المتحدث باسم "حماس" لوكالة رويترز إن الحركة تؤكد عدم تواجد تنظيم القاعدة في قطاع غزة، وأضاف أن جميع الفصائل والجماعات الفلسطينية تشهر أسلحتها فقط في وجه إسرائيل. وكان وزير الداخلية المصري حبيب العادلي أكد أن حكومة بلاده لديها دليل على أن تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني المرتبط بتنظيم القاعدة وراء التفجير الذي تعرضت له كنيسة القديسين في الإسكندرية ليلة رأس السنة، وأدى إلى مقتل 23 شخصاً. جاء ذلك في تصريحات رسمية لوزير الداخلية المصري اليوم الأحد 23 -1-2011 خلال الاحتفال بعيد الشرطة المصري التاسع والخمسين. وفي تطور لاحق نفى جيش الإسلام مسؤوليته عن الهجوم على كنيسة القديسين . وقال المتحدث باسم الجماعة الاسلامية المتشددة "ابو مثنى" لوكالة الأنباء الفرنسية "ليس لنا أي علاقة من قريب او بعيد بالهجوم على الكنيسة القبطية في الاسكندرية بمصر".مضيفا أن "الموساد اليهودي ...هو المسؤول" عن هذا الاعتداء. إلى ذلك ،قال الرئيس المصري محمد حسني مبارك في كلمته احتفالاً بعيد الشرطة إن بلاده"ستتصدى لدعاة الفتنة والمروجين لها ولأي محاولات تستهدف النيل من استقرار مصر".ووقع حادث كنيسة القديسين ليلة الاحتفال برأس السنة الميلادية وأسفر عن مصرع 23 شخصا، فضلا عن إصابة العشرات بإصابات مختلفة. وأطلع وزير الداخلية المصري الرئيس حسني مبارك على أدلة الحادث واعترافات المتهمين قبيل بدء الاحتفال خلال اجتماعه بالمجلس الأعلى لهيئه الشرطة. وكانت تحريات أجهزة الأمن المصرية قد انصبّت خلال الفترة الماضية تجاه مجموعات سلفية جهادية في مصر تعيش في محافظة سيناء، كما ألقت القبض على عشرات من السلفيين في عدة محافظات مصرية أخرى. كشف د سمير غطاس الخبير في شئون تنظيمات القاعدة أن الأجهزة الأمنية المصرية أحبطت عملية أو عمليتين كان سيقوم بهما تنظيم "جيش الأسلام الفلسطيني " المرتبط بتنظيم القاعدة في مصر لم يعلن عنها .