أقرت التوجيهات النهائية للجنة الوزارية المكلفة من قبل رئيس الجمهورية لتقييم أداء الصناديق الخاصة، الإبقاء على صناديق التقاعد التابعة لوزارتي الداخلية والدفاع وجهاز الأمن السياسي، على أن يتم إعادة هيكلتها ومراعاة استكمال الإجراءات المتعلقة بتحسين وتطوير أدائها ورفع مستوى ونوعية خدماتها المقدمة للمستفيدين من المتقاعدين ، وبما يحول دون أي قصور..كما أقرت اللجنة الإبقاء على صندوق الخدمة المدنية، نظراً لأهميته بالنسبة لعملية الإصلاح الإداري مع ضرورة اعتماد نظام مالي ومحاسبي كفؤ على غرار الصندوق الاجتماعي، وأوصت بإعادة هيكلة صندوق صيانة الطرق والجسور وصندوقي التراث والتنمية الثقافية، والترويج السياحي، وصندوق رعاية النشء والشباب، وصندوق رعاية وتأهيل المعاقين، وصندوق التنمية الحضرية، مع مراعاة إيجاد إدارة مستقلة لكل صندوق على حدة، يتم اختيارها وفق أسس تنافسية، وتعيين مراجع (محاسب قانوني) خارجي لكل صندوق وتطوير الأنظمة المالية والمحاسبية للصناديق على غرار الصندوق الاجتماعي للتنمية واستكمال إصدار اللوائح التنظيمية والتنفيذية، وإعداد استراتيجية واضحة لعمل الصناديق.. كما أوصت اللجنة بإلغاء صندوق دعم وزارة الثروة السمكية استناداً للاعتبارات المتعلقة بعدم وجود أساس قانوني للصندوق وانعدام الأثر التنموي، كون مجالات إنفاق الصندوق تتم لأغراض التشغيل، إضافة إلى وجود صندوق تشجيع الإنتاج الزراعي والسمكي والذي يعمل في مجال تنمية القطاع السمكي، وأشادت اللجنة بمستوى وأداء صندوق تمويل الصناعات الصغيرة، وأوصت بالإبقاء عليه على حاله نظراً لحدوث تحسن كبير في أداء الصندوق عبر دعم الصندوق الاجتماعي والشروع في بناء قدراته، وإعادة هيكلته ولكونه يمثل الصندوق الوحيد المتخصص في تمويل المنشآت الصغيرة على أن يتم تطوير وتحديث الجوانب المتعلقة بالنظام المالي والمحاسبي للصندوق وتعيين مراجع (محاسب قانوني خارجي) وإيجاد إدارة مستقلة يتم اختيارها وفق أسس تنافسية، وإيجاد رؤية واضحة لتمويل المشروعات الصغيرة.