تتشعب علاقات الكنيسة الأرثوذكسية المصرية، حيث تربطها مع الطوائف المسيحية الأخرى في مصر وكذا مع الكنائس العالمية الأرثوذكسية والكاثوليكية (الفاتيكان) والبروتستانتية روابط كثيرة.. تتضح تلك العلاقات جليًّا خلال المنظمات المسيحية العالمية مثل مجلس الكنائس العام، بخلاف علاقتها الإقليمية مع كنائس الشرق الأوسط " مجلس كنائس الشرق الأوسط". إلا أن الكنيسة الأرثوذكسية ترى طوائف كثيرة "منشقة" عنها ، بل ولا تعتبرها من المسيحية في شيء، مثل طائفة "شهود يهوه"، وعدد من الطوائف البروتستانتية الأخرى . شهود يهوه هي "جماعة" لا تعترف بها الكنائس المسيحية الكاثوليكية والأرثوذكسية ولا تعتبرها ضمن الطوائف المسيحية، ويطلق عليها "جماعة شهود يهوه" لتمييزها عن الطوائف المسيحية . كانت بداياتهم في أوائل سبعينيات القرن التاسع عشر في ولاية بنسلفانيا الأمريكية على يد "تشارلز تاز راسل"، حيث نشأت من مجموعات صغيرة لدراسة الكتاب المقدس، ثم توسعت فيما بعد لتطلق على نفسها "تلاميذ الكتاب المقدس". في أعقاب وصول الكنيسة الأرثوذكسية لمرحلة القرعة الهيكيلية واختيار الأنبا تواضروس البطريرك ال118 نادته الأصوات بضرورة توحيد الطوائف المسيحية المختلفة، أو على الأقل إيجاد حالة حوارية أكثر اتساعًا لخلق أرضية مشتركة بينهم أقوى رسوخًا وثباتًا؛ خاصة في ظل الأحداث التي تمر بها مصر . " يتركوننا نعبد ربنا بحريتنا وبالطريقة التي نراها نحن صحيحة وليست بطريقة تُفرض علينا".. بهذه المقولة عبر عوني مطر من طائفة "شهود يهوه" عن طموحه للمرحلة المقبلة في تاريخ الكنيسة، مبديًا رغبته في انتهاء مرحلة إلقاء الاتهامات بقدوم البابا تواضروس. إبرام لمعي المسئول الإعلامي بالكنيسة الإنجيلية أكد أن الاتحاد بالشكل الكامل يصعب تحقيقه لوجود رئاسة مختلفة بالكنائس، بخلاف التفاصيل العقائدية المتباعدة، ولأن الوحدة الشاملة تتطلب الخضوع الكامل وهذا يصعب تحقيقه.. مشيرًا إلى وجود علاقات مستمرة من خلال مجلس كنائس الشرق الاوسط الذي يتكون من الطوائف الثلاث الأكبر "الأرثوذكسية والكاثوليكية والبروتستانتية" إضافة لتنظيم بعض مؤتمرات ودوائر لاهوت أو فقه مشتركة . وعن استمرارية العلاقة بهذا الشكل يقول لمعي: "العلاقات كانت في وقت معين بها جذب وشد وذلك حين تختلف الرؤى، نتيجة عدد من التصريحات العنترية التي تتهم الكنيسة الإنجيلية بجذب الشباب من خلال مؤتمراتها وإبعادهم عن كنيستهم الأم". وأضاف: "لكن شباب الكنائس الثلاث بعد الثورة أصبح لهم موقف آخر؛ حيث خرج من إطار الكنيسة مندمجًا في نشاط مصري ووطني، ولم يعد ينتظر القرارات الفوقية". وعلق لمعي على ذلك بأنها "ظاهرة صحية"، أدت إلى اقتراب رؤساء الطوائف من بعضهم البعض سواء أرادوا أو لم يردوا . أما عن الكنيسة وحكم الإخوان فقال: "العلاقة بين الكنيسة والدولة في عهد مبارك كانت فردية، فالدولة هي مبارك، والكنيسة هي البابا شنودة".. مبرزًا أن الفردية هي سمة "الديكتاتور" بوجه عام، مضيفًا أن الإخوان يرتاحون في التعامل وفق هذا الشكل من الممارسات الديكتاتورية ولكن بشكل ديني، إلا أن الشباب المسلم والقبطي تغير وأصبح يطالب بالدولة المؤسسية الأكثر اتساعًا . وطالب لمعي بتفعيل المجلس الملي بالكنيسة، وألا يكون خاضعًا لسلطة البابا تواضروس حتى يتماشى وطبيعة المرحلة . من جانبه، قال القس رفيق جريش المتحدث الإعلامي باسم الكنيسة الكاثوليكية: "إن العلاقة بين الكنيستين الكاثوليكية والأرثوذكسية تحتاج للمراجعة في بعض الأشياء، ولكن إذا وُجدت الإرادة الصالحة والمحبة تُصلح أمور كثيرة، ودائمًا ما كانت العلاقة طيبة بيننا وبين البابا شنودة، ونفس الحال مع البابا كيرلس السادس". مضيفًا: "ونأمل أن تكون كذلك مع الأنبا تاوضروس". وعن رؤيته لعلاقة الكنيسة الأرثوذكسية بالمجتمع في الفترة المقبلة قال: "بعيدًا عن الأمور العقائدية نتمنى أن يكون الأنبا تواضروس بابا لكل المصريين، ونتمنى أن تكون الكنيسة أكثر انفتاحًا على الطوائف المسيحية وعلى المجتمع الإسلامي أيضًا، وأن يحتل ملف المواطنة أهمية قصوى في أولويات اهتمام البابا تواضروس لما له من أهمية قصوى كموضوع الساعة". وأوصى بأن تكون فئة الشباب المسيحي أكثر حضورًا؛ خاصة في ظل اختلاف دوره بالفعل بعد ثورة يناير قائلاً: "لم يعد الشباب المسيحي حبيس أسوار الكنيسة، فالموضوع اختلف وخرج الشباب من أسوار الكنيسة". وعن الحوارات "المسكونية" - الخاصة بالشأن العقائدي - بين الكنيستين، قال: "لم يوجد تقصير بالمعنى الواضح للكلمة في عهد البابا الراحل، فكان بين الكنيستين حوارات لاهوتية مستمرة، إلا أن السنوات الأخيرة كانت تلك الحوارات غير منتظمة بسبب مرض البابا شنودة وسفره المتكرر، إلا أنه كان شديد الاهتمام بالتواصل مع الطوائف المختلفة، ونتمنى من الأنبا تاوضروس المزيد من التواصل".