اتهم الرئيس الأفغاني حامد كرزاي الولاياتالمتحدة بانتهاك اتفاق بشأن إدارة السجون وتسلم المعتقلين الأفغان لدى القوات الأميركية، كان عاملا رئيسيا في توقيع اتفاق الشراكة الإستراتيجية بين كابل وواشنطن. وقال بيان أصدرته الرئاسة الأفغانية إن كرزاي يدين "الإساءة الخطيرة إلى بروتوكول الإتفاق" مع الولاياتالمتحدة، مشيرا إلى أن الرئيس الأفغاني طلب "من وزير الدفاع ووزير العدل وقائد سجن باغرام أن يتخذوا بصورة عاجلة كل الإجراءات الضرورية لضمان تولي الأفغان إدارة السجن ونقل سلطاته كاملة". وأضاف البيان إن معتقلين ومتمردين مفترضين آخرين لا يزالون معتقلين لدى القوات الأميركية التي من المقرر أن تنسحب من البلاد برفقة قوات حلف الأطلسي، عام 2014. وحسب الاتفاق بين الجانبين، فإن على السلطات الأفغانية إبلاغ الولاياتالمتحدة بنيتها الإفراج عن سجناء من معتقل قاعدة باغرام وأن "تنظر بإيجابية" إلى اعتراضات واشنطن التي تريد التأكد من أن الأشخاص المفرج عنهم لا ينخرطون في "أنشطة إرهابية". وقد نقلت الولاياتالمتحدة في العاشر من سبتمبر/أيلول السيطرة على السجن إلى السلطات الأفغانية على الرغم من الخلافات، خصوصا حول مصير مئات المعتقلين المسجونين في باغرام. كما ترفض كابل أن يكون للقوات الأجنبية الحق في استجواب واحتجاز مواطنين أفغان، فيما تعتبر واشنطن أنها لا تزال تتمتع بهذا الحق "وفقا للقوانين الدولية والأعراف الحربية".