بعد تحقيقات استمرت 6 ساعات أصدرت نيابة شرق القاهرة الكلية بإشراف المستشار مصطفى خاطر المحامى العام الأول للنيابات، والمستشار هشام بركات النائب العام، قرارًا بحبس محمد بديع المرشد العام لتنظيم «الإخوان» لمدة 15 يومًا احتياطيًا مرتين (ثلاثين يومًا) على ذمة التحقيقات التي تجري معه بمعرفة النيابة، في قضيتي اتهامه بالاشتراك وآخرين من قيادات تنظيم الإخوان المسلمين، عن طريق الاتفاق والتحريض والمساعدة على ارتكاب جرائم القتل، وأحداث العنف التي حدثت أمام دار الحرس الجمهوري الشهر الماضي، والتي راح ضحيتها 57 شخصًا. بالإضافة إلى اتهامه فى أحداث العنف أمام الاتحادية التى جرت في ديسمبر الماضي بحق المتظاهرين المناهضين للإعلان الدستوري المكمل الذي أصدره الرئيس السابق محمد مرسي أواخر شهر نوفمبر 2012. وكان فريق من محققي النيابة العامة انتقل إلى سجن ملحق مزرعة طرة، للتحقيق مع بديع ومواجهته بالاتهامات المنسوبة إليه، حيث استمرت التحقيقات معه أكثر من 6 ساعات متصلة، حيث جرى التحقيق معه بداية في القضية الأولى المتعلقة بأحداث قصر الاتحادية، وتمت مواجهته بجميع الصور والفديوهات التي تثبت اتهامه في تلك القضية، وتثبت اشتراكه في التحريض عليها والقضية الثانية المتعلقة بأحداث الحرس الجمهوري. وبمواجهته، استخدم «بديع» لفظ «لا» و»محصلش» و»معرفش» أكثر من 25 مرة في الإجابة عن معظم اسئلة المحققين، وأوضح أن من سمعه ربما لم يفهم أنه شدد على أن يكون ثورتهم واعتصامهم سلمى 100% كما نصت تعاليم الإسلام، وأن هذا هو ما أكد عليه في رسالته الأسبوعية، وفي خطاباته أكثر من مرة. وزعم «بديع» في التحقيقات أنه استنكر حمل السلاح أكثر من مرة مشددًا على حرمة الدم، وأن من حمل السلاح هم مندسون من أجل تشويه صورة المعتصمين السلميين ولإعطاء الحق ل»الأمن» بإطلاق الرصاص واغتيال الشباب المسالم الذي خرج فقط للتعبير عن رأيه. وتم في ختام التحقيقات حبسه 15 يومًا مرتين لكل قضية منفصلة على حدة، وقررت النيابة أن يبدأ تنفيذ أمر الحبس الاحتياطى بحق محمد بديع في القضية المتعلقة بأحداث الحرس الجمهوري، فى أعقاب انتهاء فترة الحبس الاحتياطى التي يقضيها في قضية اتهامه في أحداث قصر الاتحادية. وأسندت النيابة إلى بديع تهم ارتكابه لجرائم الاشتراك بطريق التحريض على قتل والشروع في قتل بعض المتظاهرين السلميين بغرض إرهابي، والقبض على بعضهم واحتجازهم وتعذيبهم بجوار سور قصر الاتحادية الرئاسي، وإدارة عصابة تعمل على خلاف أحكام القانون بغرض تعطيل العمل بالقوانين ومنع مؤسسات الدولة عن ممارسة أعمالها، والتحريض على أعمال العنف والحريق العمد وتخريب المنشآت العامة والخاصة، وتعطيل وسائل المواصلات وتعريض سلامتها للخطر، وإحراز أسلحة نارية وذخائر وأسلحة بيضاء، وإطلاق الأعيرة النارية داخل البلاد، والتعدي على رجال القوات المسلحة والشرطة وعلى حريات المواطنين. وسبق للنيابة أن أصدرت أمرًا بضبط وإحضار محمد بديع وعدد من قيادات تنظيم الإخوان المسلمين على ذمة قضيتي الاتحادية والحرس الجمهوري، وذلك في ضوء ما كشفت عنه التحقيقات وما أدلى به الشهود والضحايا وتحريات أجهزة الأمن.