اتهمت وزارة التعليم العالي والبحث العلمي تمارسها هيئة مكافحة الفساد بالابتزاز عبر حملات التشهير. استنكرت الوزارة حملات التشهير والابتزاز التي تمارسها هيئة مكافحة الفساد ضدها ومحاولاتها المتكررة الإساءة الى موظفيها دون وجه حق . وقالت الوزارة في ردها على مذكرة رفعتها الهيئة لرئيس الجمهورية تضمنت ادعاءات بوجود مخالفات واختلالات في وزارة التعليم العالي: ان الهيئة دأبت منذ قرابة عام على التعامل مع بلاغات كيدية والادعاء بوجود وقائع فساد في تجني واضح على الوزارة ومحاولة الإساءة لموظفيها دون دليل. واوضحت مذكرة التعليم العالي في ردها على ادعاءات بشأن بوجود تلاعب بالمنح الدراسية ، بان الوزارة عملت على تطبيق مبدأ تكافؤ الفرص بين الجميع واعتماد الإعلان والمفاضلة في كافة مواردها من المنح الدراسية وبلغ عدد الطلاب المبتعثين والمعتمدين عبر الإعلان والمفاضلة خلال الفترة من اكتوبر 2012م وحتى اكتوبر 2014م اكثر من (4000) طالب وطالبة. وفيما يتعلق بالمخالفات المزعومة بشأن تعيين الملحقيات الثقافية.. نفت وزارة التعليم العالي صحة ادعاءات هيئة الفساد وتحدتهااثبات وجود حاله واحدة تم التعيين فيها خلافا للقانون. واكدت ان وجميع المعينين تنطبق عليهم الشروط القانونية وفقاً للمواد (72 ،73 ،76) من اللائحة التنفيذية لقانون البعثات ، ووفقاً للمادة (13) من قانون السلك الدبلوماسي والقنصلي التي تنظم شغل هذه الوظيفة . وفيما يتعلق بمزعوم الإعلان والمفاضلة التي أشارت إليها مذكرة الهيئة .. اكدت وزارة التعليم العالي ان ذلك الإجراء مخالف للقانون من أساسه ولا يوجد نص يستند إليه مطلقاً، واشارت الى ان ما سميت بلجنة المفاضلة لم يصدر قرار وزاري بتشكيلها في حينه ولا توجد آليه للبت والمفاضلة بين المتقدمين الذي تجاوز عددهم (1500) شخص. وقد تلقت الوزارة عشرات الشكاوى بهذا الشأن وتم الطعن بهذه الإجراءات المخالفة وإلغائها في حينه. واختتمت الوزارة ردها على هيئة الفساد بمطالبة الهيئة باحترام القانون والالتزام به واستيضاح الحقيقة من الوزارة و الاطلاع على ما لديها بهذا الشأن قبل الرفع لرئيس الجمهورية بمثل تلك المذكرات وفي مثل هذا التوقيت الذي لا يحتمل المزيد من إثارة الزوابع والبلبلة والزج بالوزارة في صراعات لا تخدم المصلحة العامة وفقا للوزارة.