اتهم علي البخيتي الرئيس عبدربه منصور هادي بالمساهمة في إشعال الفتنة الطائفية عبر التماهي مع خطاب تنظيم القاعدة وأنصار الشريعة الذين يصفون الحوثيين بأنهم اثنى عشرية. وقال البخيتي إنه كان ينتظر من الرئيس هادي إدانة على العمليات الإجرامية والإرهابية التي هزت صنعاء والحوطة بلحج بقوة، وادانة عمليات نهب المعسكرات في عدن والحوطة. وأضاف البخيتي في منشور له على فيس بوك:"عرف من كتب لك الخطاب، فبصمات راجح بادي ظاهرة عليه». وتابع:« اعرف أنك لا تفقه معنى الاثنى عشرية، ومشكلتك في أنك لم تُحسن اختيار مستشاريك، لذلك خرج خطابك هزيلاً سمجاً بعيداً عن الواقعية، وفيه تحريض على فتنة مذهبية، وذلك ليس منطق رئيس جمهورية بل منطق زعيم عصابة طائفية أو مناطقية».