ينقسم جهاز الاستخبارات المصرية إلى ثلاثة أقسام رئيسية: هيئة المخابرات المصرية العامة وتتبع رئاسة الجمهورية، والمخابرات العسكرية وتتبع وزارة الدفاع، ومديرية مباحث أمن الدولة التي تتبع وزارة الداخلية. تضطلع الأجهزة الثلاثة بمهمة الحفاظ على الأمن القومي مع تركيز مباحث أمن الدولة على الوضع الداخلي أكثر من الجهازين الباقيين. المخابرات العامة هي هيئة المخابرات أو جهاز الدفاع الوطني يتكون شعارها من عين حورس الشهيرة في الأعلى، وأسفلها مباشرة نسر قوي ينقض على أفعى سامة لينتزعها من الأرض، ويرمز الشعار لقوة الجهاز وصرامته في مواجهة الأخطار والشرور التي تواجه الأمن القومي للبلاد، وتعود تبعية الجهاز لرئاسة الجمهورية بشكل مباشر. أنشئ الجهاز بعد حركة يوليو 1952 لينهض بحال الاستخبارات المصرية حيث أصدر الرئيس الراحل جمال عبد الناصر (1918-1970) قراراً رسمياً بإنشاء جهاز استخباري حمل اسم "المخابرات العامة" عام 1954، وأسند إلى زكريا محيي الدين مهمة إنشائه بحيث يكون جهاز مخابرات قويا لديه القدرة على حماية الأمن القومي. وكانت الانطلاقة الحقيقية للجهاز مع تولي صلاح نصر رئاسته عام 1957 حيث قام بتحديث وتطوير الجهاز على أسس منهجية عملية، كما قام بإنشاء مبنى منفصل وأسس وحدات للراديو والحاسوب والتزوير والخداع. ولتغطية نفقات الجهاز الباهظة في ذلك الوقت، قام صلاح نصر بإنشاء "شركة النصر للاستيراد والتصدير" لتكون ستاراً لأعمال المخابرات المصرية، بالإضافة إلى الاستفادة منها في تمويل عملياته، وبمرور الوقت تضخمت الشركة واستقلت عن الجهاز وأصبحت ذات إدارة منفصلة. ينقسم الهيكل التنظيمي للمخابرات العامة إلى عدة مجموعات يرأس كل منها أحد الوكلاء ممثلاً لرئيس الجهاز. كما يحتوى الجهاز على مبنى يحوي مكتبة ضخمة وآخر للمعامل. يقع المقر الرئيسي بضاحية حدائق القبة بالقاهرة، وهو مركز محصن نتيجة لوجود قصر القبة بالجهة الشرقية، ومستشفى وادي النيل (التابع للجهاز) في الجهة الغربية، وإسكان الضباط بالجهتين الشمالية والجنوبية، فضلاً عن الحراسة المشددة عليه والكاميرات التلفزيونية المسلطة على المنطقة المحيطة ليلاً ونهاراً فضلا عن سور يبلغ ارتفاعه خمسة أمتار. يستخدم الجهاز مختلف وسائل التجسس الحديثة عبر قيام مجموعته الفنية بتطوير الأجهزة المستخدمة وإنتاج وسائل تجسس غير متعارف عليها، كما يتم استخدام عملاء مباشرين سواء كانوا دبلوماسيين أو غير دبلوماسيين بغية الحصول على المعلومات. وحتى وقت قريب كانت شخصية رئيس المخابرات سرية وغير معروفة إلا لكبار قيادات الجيش ولرئيس الجمهورية طبعا -الذي يقوم بتعيينه بقرار جمهوري- لكن رئيسها السابق اللواء عمر سليمان كسر هذا التقليد حيث أعلنت الصحافة اسمه عدة مرات قبل أن يصبح شخصية معروفة بعد مرافقة الرئيس حسني مبارك في جولاته إلى فلسطين والولايات المتحدة وإمساكه بالملف الفلسطيني. واستمر هذا التقليد مع الإعلان مؤخرا عن تعيين اللواء مراد موافي مديراً للمخابرات يوم 31 يناير/ كانون الثاني 2011، بعد تعيين عمر سليمان نائبا لرئيس الجمهورية. 1967-1973 خلال هذه الفترة، قام الجهاز بأدوار كبيرة قبل وبعد حرب يونيو/ حزيران 1967 ساهمت بشكل مباشر في تحقيق الإنجازات الميدانية على أرض المعركة في حرب أكتوبر/ تشرين الأول 1973، وقدمت الدراما المصرية جزءا من الفترة في أعمال مثل مسلسل رأفت الهجان. لكن وفي الوقت ذاته، أثار الكشف عن بعض الأسرار الاستخباراتية العديد من الانتقادات على خلفية أن جهاز المخابرات العامة كان يعلم وبالتوقيت المحدد موعد الهجوم الإسرائيلي على الجبهة المصرية في حرب 67 وطريقة تعامل القيادة العسكرية ممثلة بالمشير عبد الحكيم عامر مع تلك المعلومات.
يشير الباحثون المتابعون للشأن الأمني المصري، ومنهم الكاتب الأميركي لاري غوودسن أستاذ الدرسات الشرق الأوسطية بكلية الحرب الأميركية، أن جهاز المخابرات المصرية كان وما يزال مكلفا بمتابعة الملف الداخلي إضافة إلى مهمته المتصلة بالأمن القومي.
ويلفت معهد غلوبال سيكوريتي، في تقرير تحليلي للوضع الأمني المصري، إلى أن الرئيس جمال عبد الناصر أسس الجهاز لحماية الأمن القومي بما في ذلك متابعة الوضع الداخلي ولا سيما التيارات السياسية المعارضة مثل الشيوعيين والإخوان المسلمين، مشيرا إلى أن الوضع لم يختلف كثيرا في عهد خلفه أنور السادات.
بعد 1979 بعد توقيع عملية السلام مع إسرائيل عام 1979، توجه جهاز المخابرات العامة للخوض في القضايا الداخلية أكثر دون التخلي عن مهمته في مكافحة الجاسوسية، وتم الإعلان فعلا عن كشف واعتقال عدد من الجواسيس الإسرائيليين آخرهم شبكة يديرها ضابط إسرائيلي تم اعتقال بعض من أفرادها -بينهم من جنسيات عربية- نهاية العام 2010. ومن أهم الملفات التي تعاملت معها هيئة المخابرات المصرية خلال الثمانينيات وصاعدا قضايا مكافحة الإرهاب ومتابعة وملاحقة أفراد الجماعات المسلحة ذات التوجه الديني المتشدد، مثل تنظيم القاعدة وجماعة التكفير والهجرة، وفي هذه المرحلة بنت المخابرات المصرية علاقات وثيقة مع العديد من أجهزة المخابرات العالمية وعلى رأسها الاستخبارات المركزية الأميركية (سي آي أي). كما تعاونت المخابرات المصرية في مراقبة ومتابعة جماعات معادية لإسرائيل مثل حركة المقاومة الإسلامية حماس في فلسطين، وحزب الله في لبنان. وفي جزء من 250 ألف برقية دبلوماسية حصل عليها موقع ويكيليكس على الإنترنت، ذكرت برقيات أميركية يعود تاريخها إلى أبريل/ نيسان 2009 أن وزير الداخلية المصري السابق اللواء حبيب العادلي كان وراء تفكيك خلية لحزب الله في سيناء وكذلك "خطوات لوقف تدفق أسلحة إيرانية من السودان عبر مصر إلى غزة".
وجاء في الوثائق أنه في نهاية ذلك الشهر أبلغ مدير المخابرات المصرية، في حينه عمر سليمان، المسؤولين الأميركيين أن مصر تحقق "نجاحاً" في منع إيران من تمرير دعم مالي إلى حماس. ونقلت صحيفة غادريان البريطانية في السابع من ديسمبر/ كانون الأول 2010 قوله إن مصر وجهت رسالة واضحة إلى إيران مفادها أنها إذا تدخلت في مصر فإن الأخيرة ستتدخل في إيران، مضيفاً أن جهاز المخابرات المصري بدأ بالفعل تجنيد عملاء في العراق وسوريا. المخابرات الحربية تتبع إدارة المخابرات العسكرية والاستطلاع المصرية، وتعرف اختصارا باسم المخابرات الحربية، لوزارة الدفاع. رأس الجهاز العديد من ضباط كبار الجيش منهم على سبيل المثال المشير عبد الحليم أبو غزالة وزير الدفاع السابق، اللواء عمر سليمان نائب الرئيس حاليا ورئيس جهاز المخابرات العامة سابقا، واللواء مراد موافي رئيس جهاز المخابرات العامة الذي عين خلفا لسليمان في يناير/ كانون الأول 2011. تختص المخابرات الحربية بمتابعة القضايا المتصلة بالأمن القومي من الناحية العسكرية، ومنها على سبيل المثال لا الحصر متابعة وقراءة واستطلاع تحركات العدو وجمع المعلومات الخاصة بتشكيلاته القتالية واستعداداته في حالة السلم والحرب، مسح الواقع الميداني للعمليات العسكرية بما فيها المسح الجغرافي ومطابقتها مع الخرائط العسكرية التفصيلية وتقديم هذه المعلومات إلى القيادة العسكرية والسياسية لتقدير الموقف على الأرض، ولذلك يُعد عملها حاسما في تقدير الموقف الإستراتيجي. بيد أن هذه المهمة كانت وما تزال -منذ عهد عبد الناصر- تتقاطع مع ملفات داخلية منها متابعة التيارات السياسية المناهضة الموجودة داخل الجيش، والقضايا المدنية الأخرى التي ترتبط بشكل غير مباشر بالأمن العسكري والقوات المسلحة. ولعل اغتيال السادات على يد عناصر إسلامية داخل الجيش كان الضربة الكبرى الثانية التي تلقتها المخابرات الحربية بعد أخفاقها في قراءة المعطيات الاستخباراتية -من بينها معلومات دبلوماسية- حول قيام إسرائيل بشن حرب على الجبهتين السورية والمصرية صبيحة الخامس من يونيو/ حزيران 1967. وعن هذه الفترة تحديدا، يتحدث الفريق أول محمد صادق (1917-1991) الذي كان مديرا للمخابرات الحربية عام 1967 أن من أهم أسباب الهزيمة في حرب 1967 هو فصل المخابرات العامة عن المخابرات الحربية، وعدم وجود التنسيق بينهما فى أمور الاستطلاع ومعرفة نوايا العدو وعقد اجتماعات تنسيقية بينهما وتوحيد تقاريرهما، وتقديم دراسات متعمقة متناسقة عن "كل لاحتمالات". مباحث أمن الدولة أنشئ جهاز أمن الدولة بعد قيام حركة يوليو سنة 1952 بديلا للبوليس السياسي الذي ألغته الثورة، وأوكل بمتابعة الملفات الأمنية الداخلية وتحديدا التيارات السياسية المناهضة للنظام. يقع مقر الجهاز الرئيسى في شارع الأزهر بالحي السادس بمدينة نصر، ويتبع -بفرعيه المدني والعسكري-لأوامر وزارة الداخلية، وعادة ما يرشح قادته للمناصب الأمنية الكبرى مثل وزارة الداخلية فضلا عن تمتع ضباطه والعاملين فيه بمزايا مادية ومعنوية تفوق نظراءهم في سلك الشرطة. يعتبر جهاز أمن الدولة المؤسسة الأمنية التي تصنع السياسات وتلمع الرموز السياسية ومن أهم أدواته الجهاز الإعلامي، أما تمويله فيأتي من موازنة الحكومة وبعض المساعدات الأجنبية فضلا عن علاقته الوثيقة بكبار رجال الأعمال. عادة ما يتم ترشيح العاملين بجهاز أمن الدولة من صفوف الإدارات الأمنية التابعة للشرطة وعلى الأخص إدارة المباحث الجنائية، ووفقا لضباط سابقين بالجهاز يتم التعيين من قبل وزير الداخلية شخصيا ولا يمكن لأي جهة حكومية فرض ضابط على الجهاز. ورغم تبعيته إدارياً لوزارة الداخلية، يتمتع جهاز أمن الدولة بقدر من الخصوصية تفرضها طبيعة الخدمة السرية، مع أن اشتراطات الخدمة السرية لا تتوافر في كافة المهام التي يتصدى لها الجهاز بنفس القدر الحاصل في جهاز أمني آخر مثل المخابرات العامة الذي لا يقبل من أعضائه الكشف عن هوياتهم وطبيعة عملهم في الجهاز. وبمعنى آخر، يعيش ضباط وقادة جهاز المخابرات العامة حياة متوازية حيث يمكن أن يكون أحدهم صحفيا أو أستاذا جامعيا إلى جانب عمله الأمني السري خلافا لنظيره في جهاز أمن الدولة الذي يبقى معروفاً كضابط شرطة يعمل في جهاز يتصدى للأمن السياسي. ويتمتع هذا الجهاز منذ نشأته بسجل سيئ على مستوى حقوق الإنسان، وتاريخ حافل بأساليب وأدوات التعذيب بحق المعتقلين لا سيما من التيارات السياسية المعارضة والمناهضة للنظام.
