أصدرت هيئة علماء إخوان اليمن برئاسة رجل الدين المتشدد، الشيخ عبد المجيد الزنداني المتهم بدعم وتمويل الجماعات الجهادية، بياناً مثيراً للجدل، حول الأحداث الأخيرة التي شهدتها جمهورية مصر العربية، وأفضت إلى إسقاط الشعب المصري لنظام جماعة الإخوان المسلمين وعزل محمد مرسي . وقالت الهيئة، أنها تدين وتستنكر ما وصفته ب"الانقلاب العسكري والتآمر الكبير" على الشرعية والإرادة الشعبية، بعد أن استبشرت الأمة الإسلامية بوصول الجماعة إلى الحكم حد زعمها. واعتبرت الهيئة، وهي مؤسسة دينية تمثل جماعة الإخوان المسلمين في اليمن، خروج الشعب المصري في أكبر تظاهرات شهدها التاريخ، لمناهضة حكم الإخوان" خروج عن الشرعية الإسلامية" وهو ما اعتبره مراقبون، تحريض علني صريح على قتل معارضي جماعة الإخوان ودعوة مباشرة لإباحة دمائهم. وقال البيان ": تدعو الهيئة الشعب المصري للتمسك بالشريعة الإسلامية التي لا يجوز لأي مسلم أن يتجاوزها أو يتنازل عنها بأي حال من الأحوال"، داعيا جميع المسلمين إلى القنوت في الصلوات لرفع هذه النازلة عن الشعب المصري الشقيق الذي يُستهدف دينه ووحدته وأمنه واستقراره, وإبعاده عن دوره الريادي في الأمة. وطالب بيان هيئة علماء جماعة الإخوان في اليمن ، المجلس العسكري المصري ومن يقف وراءه إلى التراجع عن الانقلاب وإعادة الرئيس المنتخب إلى منصبه- حد قولها. وشدد البيان على وجوب التزام الجيش بمهمته الأصلية المساندة والداعمة للشرعية ، في تناقض فج مع موقف الهيئة ذاتها من انشقاق اللواء الأحمر وتزعمه لتمرد مسلح ضد الدولة في اليمن مطلع الأزمة السياسية،حيث أيدت الهيئة، حينها، تمرد علي محسن واعتبرته انحيازاً لإرادة الشعب. وفيما أعلنت هيئة علماء الإصلاح تأييدها لفتوى يوسف القرضاوي ، فقد دعت الهيئات والاتحادات ومراكز الفتوى إلى بيان الحكم الشرعي في الانقلاب على الرئيس الشرعي المنتخب، محمد مرسي .بحسب ما ورد البيان .