رفض الفاتيكان مساء الأحد اتهامات شيخ الأزهر للبابا بنديكتوس السادس عشر بالتدخل في الشؤون الداخلية المصرية بسبب دعوته العالم إلى حماية المسيحيين بعد الاعتداء على كنيسة في الاسكندرية ليلة الجمعة السبت ما أدى إلى مقتل 21 شخصا. وقال المتحدث باسم الفاتيكان الأب فديريكو لومباردي بحسب ما نقلت عنه وكالة انسا الايطالية إن "البابا تكلم عن التضامن مع المجموعة القبطية التي تعرضت لضربة قاسية، ثم عبر بعدها عن القلق من تداعيات العنف على كل السكان اكانوا مسيحيين أم مسلمين". وتابع "لذلك لا نرى كيف يمكن أن يعتبر هذا الموقف من البابا الراغب ببث روحية اللاعنف أمام الجميع تدخلا". واضاف "اعتقد أن هناك سوء تفاهم في التواصل"، مضيفا "أشرنا إلى تعرض كنيسة مسيحية للهجوم وهذا يعني اننا أعربنا عن القلق ازاء الاقليات المسيحية التي يضربها العنف، وهذا لا يعني اننا نريد تبرير أو التقليل من شأن العنف الذي يستهدف مؤمنين من ديانات أخرى". وكان البابا قال في قداس رأس السنة في كاتدرائية القديس بطرس "في مواجهة أعمال التمييز والتجاوزات وخصوصا مظاهر التعصب الديني (...) الأقوال لا تكفي، بل يتعين على مسؤولي الأمم إبداء التزام ملموس وثابت". وردا على البابا قال شيخ الأزهر في مؤتمر صحافي "انني اختلف مع البابا في هذا الرأي، واتساءل لماذا لم يطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل في العراق؟". واعتبر الشيخ أحمد الطيب أن كلام البابا يعتبر تدخلا غير مقبول في شؤون مصر، مشددا في الوقت نفسه على أن كل علماء المسلمين يعلمون أن ذلك الحادث لا يقره دين أو نظام اجتماعي. ولاحقا زار شيخ الأزهر البابا شنودة الثالث في كاتدرائية القديس مرقس في القاهرة، ولكن عند خروجه تجمهر عشرات الأقباط مطلقين هتافات مناوئة لزيارته وهاجموا سيارته. وارتفعت حدة التوترات منذ عام بين المسلمين والأقباط في مصر. ويمثل الأقباط ما بين 6% و10% من اجمالي عدد المصريين البالغ 80 مليونا، وهم يعتبرون انفسهم أقلية مهمشة ومهددة.