أكد المجلس الأعلى للقوات المسلحة في مصر أن المجلس العسكري أثبت طوال الفترة الانتقالية ولمدة عام ونصف تقريبا أنه لا ينحاز لطرف على حساب الآخر وأن المجلس كان بالفعل يقف على مسافة واحدة من كافة المرشحين وأن الكلمة العليا هي كلمة الشعب في صناديق الانتخابات. وقال المجلس العسكري في بيان بثه على صفحته الرسمية على موقع التواصل الاجتماعي فيس بوك "إن نتائج انتخابات الرئاسة وما قبلها أثبتت بما لا يدع مجالا للشك عراقة وأصالة المؤسسة العسكرية وأنها لا تنحاز إلا للمصلحة العليا للبلاد فهي مصنع الوطنية ومصنع الرجال الذين لا يضعون صوب أعينهم إلا مصر وشعبها". ووجه المجلس الأعلى للقوات المسلحة في ختام البيان التهنئة للدكتور محمد مرسي على الفوز بمنصب رئيس الجمهورية، ودعا له بالتوفيق في تحمل مسئولية هذا الشعب الذي منحه الثقة، وأن يحقق استحقاقات هذا المنصب الرفيع وأن تكون بداية حقيقية لنهضة مصر ورفعة هذا الشعب العظيم.