يتهم حزب «التجمع اليمني للإصلاح» بعلاقته مع «القاعدة»، وتتناول هذه الاتهامات علي محسن الأحمر على وجه الخصوص، حيث توثقت العلاقة بين «الإخوان» و«القاعدة» في اليمن خلال السنوات الأخيرة، ومع تعاظم نفوذ الحوثيين، لأن «القاعدة» كانت بالنسبة لهم الأمل الوحيد لموازنة الحوثيين. وما زال هناك تأثير لعلي محسن الأحمر ولحميد الأحمر على العناصر الإخوانية الموجودة في اليمن، من خلال المال وشبكة العلاقات. وما زال كل منهما وبشكل خاص علي محسن قادراً على تحريك خلايا «القاعدة» في اليمن. كذلك ما زال ل«الإخوان المسلمين» التأثير القوي بسبب الأرضية الثقافية التي نشروها خلال العقود الماضية، والقيادات العسكرية التي ما زالت منهم، والموظفون من الدرجة الثانية والثالثة في الدولة، وبعض قنوات الإعلام التي لا تزال تحت سيطرتهم، والجامعات والمدارس الأهلية، والاستثمارات الهائلة التي لديهم، وبعض المشايخ الموالين لهم، مثل الشيخ الحنق في أرحب وأمين العكيمي في الجوف وبعض المشايخ الآخرين من مأرب وعبيدة.