حذر الأطباء من استخدام المضادات الحيوية باستمرار لأنها تؤدي لظهور بكتيريا متطورة تقاوم المضادات الحيوية، وبالتالي تؤثر على سرعة شفاء المرضى. وظهرت في الآونة الأخيرة، أنواع جديدة من البكتيريا لها القدرة على إكساب الجسم المناعة ضد المضادات الحيوية، فتعرض البكتيريا الاعتيادية لجرعات طويلة من المضادات الحيوية، يعد عاملاً محفزاً يساعد البكتيريا على اكتساب المناعة. ويعد تناول المضادات الحيوية بشكل دائم ومن دون وصفة طبية يؤثر سلباً على المناعة ، إذ يلجأ الكثير من الناس إلى تناول المضادات الحيوية عند الإصابة بأي التهاب من دون استشارة الطبيب، ولمدة طويلة في بعض الأحيان لاعتقادهم أن ذلك سوف يقضي على مسبب الالتهابات تماماً. الاستعمال العشوائي للمضادات الحيوية له انعكاسات سلبية جدا منها انتاج سلالات جديدة من الجراثيم لا يمكن لأي من المضادات الحيوية أن يستأصلها. وإذا تمكن المضاد الحيوي من القضاء على 99 في المائة من الجراثيم المسببة لمرض ما، فان النسبة المتبقية من الجراثيم حتى ولو كانت 1 في المائة فإنها سوف تنتج سلالات جديدة أخرى لا تتأثر بذلك المضاد. ويحذر الأطباء من الاحتفاظ بالمضادات الحيوية بعد استخدامها، بعبواته بهدف إعادة استعمالها مرة أخرى في حالة عودة المرض، كما يجب على المريض عدم استخدام العلاج ذاته بعد فترة انقطاع لأن تشابه الأعراض لا يعني بالضرورة تشابه المرض. كما يحذر الأطباء من الاستخفاف في تناول المضادات الحيوية، فعندما يصف الطبيب للمريض مضاداً حيويا عليه تناوله بالكامل، وعدم ايقافه في حال ظهور بوادر تحسن، لأن ذلك سيؤدي إلى عدم القضاء على الجراثيم بشكل كامل وسيسبب عودة المرض وبشكل أقوى. وأكد العديد من الباحثين أن المضادات الحيوية تعتبر السبب الرابع للوفاة، داعين إلى استهلاكها بشكل منتظم وعدم استخدامها الإ عند التأكد من وجود بكتيريا تستجيب لها. وحذرت منظمة الصحة العالمية من أنه إذا لم يتم استخدام المضادات الحيوية بشكل موضوعي وعملي فإن الجراثيم الأكثر شراسة تظل حية وتستطيع التكاثر مرة أخرى مما يمكن أن يؤدي إلى نشأة فصائل أخرى من البكتريا التي لا يؤثر معها استخدام أي نوع من المضادات الحيوية. وبحسب الخبراء فان العديد من الأمراض المعدية تقاوم المضادات الحيوية مثل ال "ايكولاي" وهي سلالة جديدة من البكتريا المقاومة للعقاقير، موضحين أنه إذا ما اكتسبت هذه البكتيريا جيناً آخر مقاوم للمضادات الحيوية قد تصبح أقوى من أي عقار.
