أحيل الرئيس المصري السابق محمد مرسي، و132 آخرين، ومنهم أعضاء في جماعة الإخوان المسلمين، إلى محكمة الجنايات، في قضية الهروب من سجن وادي النطرون. ووصف بيان صادر عن النائب العام القضية بأنها "أخطر جريمة إرهاب شهدتها البلاد". ومن بين المتهمين من الإخوان إلى جانب مرسي، مرشد الجماعة محمد بديع، ونائبه محمود عزت، ورئيس مجلس الشعب السابق سعد الكتاتني، وأعضاء مكتب الإرشاد محمد البلتاجي، وعصام العريان، وسعد الحسيني. وتشمل الاتهامات أيضا الداعية الإسلامي يوسف القرضاوي، وأعضاء في حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني. وتضمنت الاتهامات "الاتفاق والتحريض والمساعدة على الهجوم على منشآت شرطية وضباط وجنود، واقتحام السجون، وتخريب مبانيها، وإطلاق النيران عمدا في سجن وادى النطرون، وتمكين سجناء من الهرب، وهروبه شخصيا (مرسي) من السجن، وإتلاف الدفاتر والسجلات الخاصة بالسجون، واقتحام أقسام الشرطة، وتخريب مبان عامة وأملاك في زمن هياج وفتنة، وقتل بعض السجناء والضباط والجنود عمدا مع سبق الإصرار، واختطاف بعض الضباط والجنود". وشهدت مصر في 28 يناير 2011 (بعد 3 أيام من احتجاجات شعبية ضد نظام الرئيس الأسبق حسني مبارك) حالة انفلات أمني غير مسبوقة، في أعقاب اقتحام سجون وأقسام شرطة. ويحاكم مرسي، الذي تم عزله في 3 يوليو الماضي على يد الجيش، في قضيتين أخريين، الأولى تتعلق بقتل متظاهرين أمام الاتحادية، والثانية قضية التخابر مع عدد من الجهات الأجنبية.
اعترافات زوجة الرئيس على صعيد آخر تقدم المحامي عاصم قنديل، ببلاغ للنائب العام المصري، يتهم فيه نجلاء محمود، حرم الرئيس السابق محمد مرسي، ب"الوقوف وراء أعمال العنف التي تشهدها البلاد، والتخطيط للانقلاب على الحكم". وقال قنديل في بلاغه الذي حمل رقم 18337 لسنة 2013 عرائض النائب العام، إن قرينة مرسي، أجرت مقابلة صحافية مع وكالة أنباء نقلتها مواقع إخبارية، جاءت تحت عنوان "زوجة مرسي: أملك بين أصابع يدي خزينة أسرار البيت الأبيض"، مشيراً إلى أنها "تقود المجاهدين في مصر؛ من أجل التخطيط لانقلاب على الانقلاب". واعتبر قنديل أن "هذا التصريح يعد اعترافاً صريحاً منها، بأنها العقل المدبر والمحرض على الأعمال الإرهابية التي وقعت في مصر، في الفترة الأخيرة هي وغيرها من نساء الإخوان، اللواتي يشاركنها، ويجب أن يواجهن تحقيقات النيابة بتهمة "التخطيط لقلب نظام الحكم". واتهم زوجة مرسي بأنها "المحركة الأساسية، ومعها سيدات منظمة الإخوان، للعمليات الإرهابية، والتي تسمى بغطاء مزيف المظاهرات، والقصد منها استنزاف قوى الدولة، لاسيما مظاهرات فتيات الإخوان داخل الجامعات وخارجها، حينما قالت (إن سلطات الاحتلال تخشى التعرض للنساء) قاصدة الشرطة المصرية، والجيش المصري".