اتهمت مصادر خاصة الشيخ محمد الشائف بالتجسس على حزبه المؤتمر الشعبي العام ورئيسه علي عبد الله صالح لصالح السفارة الأمريكية بصنعاء. وأفادت المصادر بأن الشائف ورغم أنه من قيادات الحزب إلا أنه يقدم منذ فترة معلومات وأخبار عن المؤتمر وصالح مقابل حصوله على تسهيلات من السفارة الأمريكية تتعلق بسفرياته لإغراض تجارية وغيرها. وذكرت المصادر أن ما ينقله الشائف من معلومات تتعلق عما يدور من أحاديث في الاجتماعات المغلقة لحزب المؤتمر وخلف الكواليس إلى جانب أحاديث صالح وقيادات نظامه السابق وكذا اتصالاته مع الحوثيين وأموره التجارية، بالإضافة إلى تحركات نجله أحمد علي. ويعد الشيخ محمد الشايف النجل الأكبر للشيخ ناجي الشايف الذي يسير في العقد السابع من عمره، وهو شيخ مشائخ بكيل كبرى القبائل اليمنية . وعرف عن الشيخ محمد الشايف تبعيته المطلقة للرئيس اليمني السابق علي عبدالله صالح ومعاداته لحكومة الوفاق والشخصيات المحسوبة على الثورة الشبابية الشعبية. وسبق وان اهان الشيخ محمد الشايف وهو عضو في البرلمان رئيس مجلس الوزراء محمد سالم باسندوة وأنكر عليه يمنيته ما دفع الأب الشيخ ناجي الشايف إلى تقديم الاعتذار للبرلمان ولرئيس الحكومة. وكان أصدر الشيخ ناجي بن عبد العزيز الشايف بياناً هام حول ولده محمد ، عبر فيه عن استيائه منه وقال ان أعماله لا تمثل توجهه. وفي تعبير يوحي بتبرأ الأب عن ابنه، قال ناجي الشايف "ولنا في نبي الله نوح أسوة حسنة".
