أصدر صاحب السمو الشيخ سعود بن راشد المعلا عضو المجلس الأعلى حاكم أم القيوين، قانوناً بإنشاء مؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة في الإمارة. كما أصدر صاحب السمو الشيخ سعود بن راشد المعلا المرسوم الأميري رقم 11 لسنة 2013 بتعيين سلطان سعيد سلطان آل علي مديرا تنفيذيا لمؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة في أم القيوين. وينص القانون رقم 1 لسنة 2013 على إنشاء مؤسسة عامة تسمى مؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة وتكون لها الشخصية الاعتبارية وتتمتع باستقلال مالي وإداري، ولها أن تقاضي وتقاضى بهذه الصفة، وأن تنيب عنها في الإجراءات القضائية ذات العلاقة أي شخص تعينه لهذه الغاية وتدار بأسلوب المؤسسات الاقتصادية. ويشير القانون إلى أنه تلحق بالمؤسسة سلطة ميناء أحمد بن راشد وسلطة المنطقة الحرة بميناء أحمد بن راشد ودائرة الموانئ والجمارك وتشرف المؤسسة على أعمالهم ووضع الخطط والبرامج وإعداد الميزانيات واعتمادها من الحاكم. ويضيف أنه "مع مراعاة اختصاصات وصلاحيات المؤسسة بموجب هذا القانون تحتفظ كل دائرة أو سلطة أو شركة تابعة بشخصيتها المعنوية وتعمل وفقا للقوانين والأنظمة الصادرة بشأنها، وذلك باستثناء أي نص في هذه القوانين والأنظمة يتعارض وأحكام هذا القانون. موارد ويوضح القانون أن المؤسسة تشرف على وضع الأنظمة الإدارية والمالية والموافقة على عقود المشتريات والمناقصات والمشاريع بعد اعتمادها من المجلس. وتتكون موارد المؤسسة من المبالغ التي تخصصها الحكومة ومن صافي أرباح دائرة الموانئ والجمارك وميناء أحمد بن راشد والمنطقة الحرة في ميناء أحمد بن راشد. ويتم تعيين رئيس وأعضاء المجلس بناء على مرسوم يصدره الحاكم. كما يعين المدير التنفيذي للمؤسسة بناء على مرسوم يصدره الحاكم ويقوم المدير التنفيذي بإدارة المؤسسة وتسيير أمورها والاهتمام بشؤونها والإشراف على مصالحها وتنفيذ قرارات وخطط وسياسات المجلس. مجلس الإدارة كما أصدر صاحب السمو الشيخ سعود بن راشد المعلا عضو المجلس الأعلى حاكم أم القيوين المرسوم الأميري رقم 10 لسنة 2013، بشأن تشكيل مجلس ادارة مؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة في أم القيوين. ونص المرسوم على تشكيل مجلس ادارة المؤسسة من الشيخ خالد بن راشد المعلا رئيسا والشيخ أحمد بن راشد بن عبد العزيز المعلا عضوا، وسلطان سعيد سلطان آل علي عضوا. كما نص المرسوم على أن يجتمع مجلس الإدارة بشكل دوري وكلما دعت الحاجة إلى ذلك، ويكون اتخاذ القرارات داخل المجلس بالأغلبية، وفي حال تساوي الأصوات يكون صوت الرئيس مرجحا. مهام المجلس وفق المرسوم يختص مجلس الإدارة بمهام الإشراف على المؤسسة وموظفيها لتحقيق الأغراض التي أنشئت من أجلها، واقتراح الميزانية ورفعها للحاكم للتصديق، ووضع الأنظمة الإدارية والمالية والمصادقة على المشتريات والمناقصات والمشاريع، إلى جانب اعتماد تعيين العاملين بالمؤسسة وترقياتهم وتنقلاتهم وانهاء خدماتهم وفقا للقوانين المرعية، ووضع الخطة التشغيلية للمؤسسة، واقرار الخطط والسياسات والبرامج والاتفاقيات المتعلقة بالخدمات والأنشطة التي تقدمها المؤسسة. ويقضي المرسوم بتكليف المدير التنفيذي بكل أو بعض صلاحيات المجلس لمتابعة أمور المؤسسة، على أن يعمل بهذا المرسوم من تاريخ التوقيع عليه، وينشر في الجريدة الرسمية. أموال أموال المؤسسة أموال عامة لا يجوز الحجز عليها. وتعفى المؤسسة من الضرائب والرسوم بجميع أنواعها وأشكالها بما لا يتعارض مع القوانين الاتحادية النافذة. وتكون للمؤسسة والجهات التابعة لها ذمة أو ذمم مالية مستقلة عن الحكومة تتحمل المسؤولية عن الديون أو الالتزامات الأخرى التي تقع على عاتق المؤسسة أو تلك الجهات.