قالت الأكاديمية الأمريكية لطب الأطفال أن الفوائد الصحية لختان الأطفال الذكور يفوق مخاطر هذه الجراحة ولكنها لم تصل إلى حد إصدار توصية شاملة بإجراء الختان لكل الأطفال قائلة إن الوالدين لابد وان يكون لهما الرأي النهائي. ودفع لهذا التغيير أدلة علمية تشير إلى أن الختان يمكن أن يحد من خطر الإصابة بأمراض مجرى البول لدى الأطفال ويحد من خطر الإصابة بسرطان القضيب والأمراض التي تنقل من خلال الاتصال الجنسي ومن بينها فيروس اتش اي في وفيروس الورم الحليمي (اتش بي في) الذي يسبب سرطان عنق الرحم وأنواع أخرى من السرطان. وعلى الرغم من أن البيان الذي أصدرته الأكاديمية الأمريكية لطب الأطفال عام 1999 كان حياديا إلى حد ما فان البيان الجديد الذي نشر يوم الاثنين في دورية طب الأطفال يؤيد الختان قائلا أن الفوائد الصحية لختان الذكور حديثي الولادة "يبرر القيام بهذا الإجراء بالنسبة للعائلات التي تختاره." وقال الدكتور اندرو فريدمان وهو أخصائي مسالك بولية للأطفال والذي رأس قوة عمل الختان في الأكاديمية الأمريكية لطب الأطفال "أننا لا نقول انه يتعين عليكم فعل ذلك.وإذا كانت عائلة ترى انه من مصلحة الطفل فان الفوائد كافية لمساعدتهم على فعل ذلك." وبناء على مراجعة لأكثر من ألف مقال علمي قالت قوة العمل أن ختان الذكور لا يؤثر سلبيا على الوظائف الجنسية للقضيب أو حساسيته أو الإشباع الجنسي. وقالت الأكاديمية انه يجب إعطاء الآباء معلومات غير متحيزة عن هذا الإجراء . ولكن المجموعة قالت انه من الضروري أن يكون من يقوم بالختان مدربا بما يكفي وان يستخدم تقنيات تعقيم ويوفر وسائل فعالة لمنع الإحساس بالألم .