عين مؤخراً د. بامطرف رئيساً لجامعة حضرموت بدلاً عن د. أحمد بامشموس في وقت كان يتوقع أساتذة أكاديميون بجامعة حضرموت قرار الاستبعاد مبكراً على خلفية الإضرابات التي شهدتها كليات الجامعة في الدورة الامتحانية بداية العام الجاري 2009م في احتجاج تصعيدي دعت له نقابة هيئة التدريس بالجامعة في قضايا حقوقية تطالب بالمساواة مع بقية الجامعات الحكومية اليمنية، في الوقت الذي يطرح أكاديميون آخرون من أعضاء هيئة التدريس أن عمادة الجامعة غير مهتمة بجوانب البحث العلمي وتتجاهل خطط التطوير المنهجي والمعرفي بجانبيه التطبيقي والنظري. لكن البعد في إزاحة بامشموس ربما يعود إلى خلافاته مع أعضاء في مجلس الأمناء للجامعة، وتحديداً مع رجل الأعمال عبدالله بقشان. كثير من الأساتذة بالجامعة تعرضوا للاستهداف، البعض منهم تأثر نفسياً وأحجم عن عطائه الأكاديمي دون أن تتحرك حملة تضامن معه، ومثال على ذلك د. مصطفى بامطرف، حتى اللحظة لا توجد دراسة لتشخيص مكامن الخلل في سير العملية الأكاديمية كتقييم موضوعي للسنوات الخمس الماضية، لكن ما يشاع أن جامعة حضرموت تحولت إلى ما يشبه منافذ دخول مالية على حساب المتطلبات العلمية، فالذي يعرف أن قرارات المؤسسات الأكاديمية تتناقش في مجلس الجامعة كأعلى هيئة تنفيذية، فأخشى أن تكون بواطن الحسابات المناطقية تغذي مثل هذه النزاعات كون جذورها مترسبة بأعماق الماضي.
وبعد مضي أكثر من أسبوع على تعيين الخبير الدولي "بامطرف" لتحمل مهام رئاسة جامعة حضرموت فإن بلا شك لديه رؤية جديدة في الارتقاء بهذا الصرح العلمي لخدمة المجتمع. فنجاح الجامعة يقاس بجودة مخرجاتها ومقدرتها على تلبية سوق العمل. ومن العيب خضوع قرارات سيادية في أي جامعة لجهات لا تعي أهم شروط ومعايير المتطلبات الأكاديمية، فالخطأ الذي وقعت فيه جامعة حضرموت إصرارها على تأسيس كلية خاصة بالبنات كإرضاء للشيوخ الممولين من مجلس الأمناء وكأنها جامعة خاصة بالرغم من قانون الجامعات الحكومية الذي يمنع فصل دراسة البنات عن البنين في جميع المستويات الدراسية، وكررت نفس المزلق في تقليص الاهتمام بالأقسام للعلوم الإنسانية كعلم الاجتماع والخدمة والاجتماعية والفلسفة فالحاجة الملحة إلى دراسة اللغات والتربية الجمالية والعلاقات العامة ومناهج البحث العلمي عبر تأسيس أقسام مستقلة في كلية التربية والآداب حسب إفادة د. عمر مفلح أستاذ مساعد في كلية الآداب المكلا مع الاهتمام بخطة التأهيل المستمر ودعم الأبحاث العملية وربط قوله بوجود إمكانيات مادية إذا رشدت بشكل صحيح.