نفت هيئة رئاسة مجلس حضرموت الأهلي أية علاقة لها بالتنظيم أو الإعداد أو التحضير للمؤتمر المزمع انعقاده في المكلا، في الفترة من 28 فبراير حتى 1مارس عام2012م، بعنوان "اليمن وخيار الفيدرالية" والذي تردد أن المجلس الأهلي طرف في الإعداد أو التحضير له. وأوضحت أنْ لا علاقة للمجلس بهذا المؤتمر، أو تنظيمه، أو التنسيق له بأي شكل من الأشكال، ولا صلة له بأي لجنة من لجانه التنظيمية أو التحضيرية أو العلمية أو الإعلامية. وأكدت هيئة رئاسة المجلس أن لجانه المختلفة غير ذات صلة بالمؤتمر، ولم تقره هيئات المجلس أو تدرجه في برامجها أو أنشطتها، كما أن ما تردد من أخبار عن الإعداد ل"مؤتمر الفيدرالية واليمن" لم يصدر عن اللجنة الإعلامية بالمجلس، وأن أي خبر عن خطط وأنشطة المجلس ليس مصدره لجنته الإعلامية لا يعبر بطبيعة الحال عن رأي المجلس، وينبغي أن ينسب إلى مصدره لدى نشره في الوسائل الإعلامية.مع احترام المجلس بهيئاته المختلفة لكل وجهات النظر والاجتهادات التي يقدمها هذا الطرف أو ذاك. وكانت مؤسسة بيت الخبرة أعلنت تنظيمها للمؤتمر ونسبت في تصريحات صحفية مشاركة المجلس الأهلي بحضرموت في التحضير والإعداد للمؤتمر أواخر فبراير القادم.