سارع الشيخ يوسف القرضاوي الموصوف بالأب الروحي لتنظيم الإخوان، إلى إعلان المساندة المطلقة لمحمد مرسي قبل وبعد الاطاحة به، على الرغم من الفتاوي التي أصدرها الشيخ في حق معمر القذافي وبشار الأسد، و دعا صراحة إلى قتلهما. لكن الشيخ القرضاوي وفي "محنة" مرسي "رئيسا و محتجزا"، دافع بلا هوادة عن أحقية مرسي، كما لم يتوان في مهاجمة معارضيه، وقال بشأنهم "الموجودون في ميدان التحرير، إما أُناس لا يعرفون الإسلام، ويخشونه، وإما من الفلول، والبلطجية والمُستَأجَرين". وقبل عزل مرسي نهاية جوان، قال يوسف القرضاوي إن مصر تواجه ما وصفها ب"المحنة والبلاء" مع المظاهرات التي تعم الشوارع وسط انقسامات بين المعارضة وأنصار الرئيس محمد مرسي الذي وصفه بأنه ليس معصوما، وإذا كان قد أخطأ فمن حقنا أن نقوم خطأه . وقال القرضاوي في كلمة توجه بها إلى المصريين من القاهرة "الله حذرنا من التفرق والاختلاف، لا بد أن ننبذ الخلافات السياسية ونفكر في أنفسنا كمصريين". وتابع بالقول "لدينا رئيس انتخبناه، ثم اختلفنا حول مسائل ويمكن أن نتفق عليها.. الرئيس ليس معصوما.. لكل شخص أخطاؤه، إذا كان محمد مرسي قد أخطأ فمن حقنا أن نقوم خطأه ونجلس معه ونسأله". واستغرب القرضاوي صبر المصريين على الرئيس السابق حسني مبارك 30 سنة واستعجالهم رحيل مرسي الذي قال عنه إنه إن رحل فسيتولى الأمور من هو شر منه، وقال: "كيف نصبر على حكم (الرئيس السابق حسني) مبارك 30 سنة ولا نصبر على مرسي سنة؟ وهل يمكن لسنة أن تحل مشاكل 60 سنة". وشدد القرضاوي، الذي يعتبر المرجع الروحي لجماعة الإخوان المسلمين، على أنه لا يجوز لمرسي التعامل مع فصيل دون آخر، راجيا من المصريين إعطاء أنفسهم "فرصة أخرى"، وأضاف: "افرض أن مرسي تنازل فمن سيحكم بعده؟ والله لن نجد مثله من بعده! سيكون هناك شر منه، ثم شر منه.. هذا ليس نوعا من التخمين، بل مكتوب في التاريخ وفي دول أخرى". وبعد عملية عزل مرسي، أطلق الشيخ يوسف القرضاوي فتاوى تحرم عملية الانقلاب ووصفها بأنها خروج عن الحكام، وآخر فصول مساندة القرضاوي لمرسي، بيان تم تداوله بين معتصمي رابعة العدوية للاتحاد العالمي لعلماء المسلمين الذي يرأسه يوسف القرضاوي، ووصف عزل مرسي محرماً ويؤدى إلى الفتنة فى البلاد. وطالب البيان، جميع المصريين بالحفاظ على أمن مصر والمصريين، منددا بالعنف والقتل والاعتداء على الأموال والأعراض، داعيا المصريين بما فيهم القوات المسلحة بإعادة ما سموه الشرعية والحفاظ عليها درءا للفتنة. كما تضمن البيان فتوى من الشيخ يوسف القرضاوى رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين والتى حرمت الخروج علي الحاكم وبطلان الإجراءات التى اتخذت لعزل الرئيس. وينتظر أن يتخذ شيخ منبر الجزيرة، بعد عودته إلى الدوحة أول امس، ليجدد مساندته للرئيس المعزول، ويهاجم قيادة الجيش المصري.