تزداد انتهاكات ميليشيا الحوثي يوماً بعد يوم دون مراعاة للدين والقوانين، وذلك في سبيل نشر قبحها الطائفي والمذهبي، ويأتي في مقدمة هذه الانتهاكات، انتهاك حرمة بيوت الله، حيث قامت بتحويل المساجد إلى مقرات لهم يخططون فيها لقتل الشعب اليمني والاعتداء عليهم وتدمير منازلهم، جاعلين من تخاريفهم السياسية شعيرة دينية يرددونها على المنابر. وطالت انتهاكات ميليشيا الحوثي أكثر من 750 مسجدًا في اليمن، توزعت تلك الانتهاكات الجسيمة بين التفجير الكُليِّ، والقصف بالسلاح الثقيل، والنهب لكافة محتوياته من أثاث وتجهيزات، علاوة على استخدام بعض المساجد مجالس للقات وثكنات لمسلحي ميليشيا الحوثي ورصد تقرير أعده برنامج التواصل مع علماء اليمن، انتهاكات الميليشيا الانقلابية، وذلك من خلال دراسة استقصائية شملت سنوات 2013م، 2014م، 2015م، وحتى نهاية عام 2016م. وأوضح التقرير أن تفجير الحوثيين للمساجد أظهر البعد العقائدي والفكري والثقافي لحروبهم، مشيراً إلى أن مساجد محافظة صعدة وأمانة العاصمة طالتها النسبة الأكبر من انتهاكات الحوثيين، بواقع 282 مسجداً في أمانة العاصمة، و115 في محافظة صعدة. كما أوضح التقرير أن الحوثيين، ومنذ عدوانهم في يناير 2013م على القبائل اليمنية، بعد سنوات من الدراسة في "قم" الإيرانية، يتحركون بأطنان من المتفجرات والألغام، ويبحثون عن أكبر المساجد في الساعة الأولى لاحتلال القرية، ليتم نسفه بالمتفجرات، إلى جانب أي دار للقرآن الكريم أو الحديث، لطمس كل شيء له صلة بتعليم القرآن والسنة النبوية، لإحلال الفكر الإيراني الخميني المستورد بمناهجه وشعاراته ورموزه. ولفت التقرير إلى أن المساجد التي فجرها الحوثيون بلغت 80 مسجداً، والتي قصفوها بالدبابات والأسلحة الثقيلة بلغت 41 مسجداً، فيما اقتحموا وعبثوا ب 117 مسجداً، وحولوا 157 مسجداً إلى ثكنات عسكرية، يتناولون فيها القات، و"الشيشة" و"الشمة". كما رصد برنامج التواصل في تقريره انتهاكات فادحة بحق دور تحفيظ القرآن الكريم، ودور الحديث، تراوحت بين التفجير الكُلِّي والتخريب والقصف والنهب، حيث بلغ عدد المدارس ودور التحفيظ التي فجرها واعتدى عليها الانقلابون 14 مدرسة. وأكد التقرير أن الحوثيين قاموا باختطاف 150 من أئمة وخطباء المساجد، وتعذيبهم، منهم: (69) في أمانة العاصمة ومحافظة صنعاء، و (29) في محافظة الحديدة، و(25) في محافظة إب .
