كشفت وثائق عسكرية أمريكية سرّبها موقع "ويكيليكس" عن تفاصيل جديدة حول مكان وجود قيادة تنظيم القاعدة في 11 أيلول/ سبتمبر 2001 يوم تنفيذ الهجمات في الولاياتالمتحدة، وتحركاتها بعد ذلك. كما كشف الموقع أن قياديي القاعدة كانوا متمركزين في مدينة واحدة وهي كراتشيالباكستانية يوم 11 أيلول/ سبتمبر 2001، وبعد يوم واحد كانوا في طريق العودة إلى أفغانستان ليخططوا لحرب طويلة. وذكرت الوثائق أيضاً "بعض اللمحات المحيّرة" بشأن أماكن تواجد وعمليات زعيم التنظيم أسامة بن لادن ونائبه المصري أيمن الظواهري. حيث زار بن لادن منزلا في قندهار بعد 4 ايام من هجمات 11 أيلول/ سبتمبر ودعا المقاتلين العرب الذين اجتمعوا هناك الى "الدفاع عن افغانستان ضد الغزاة الكافرين" والى "الجهاد في سبيل الله". وتشير الوثائق ايضا الى تفاصيل تنقل بن لادن والظواهري في مواقع مختلفة بافغانستان ولقائه بقيادات طالبان. وقد استخدم بن لادن والظواهري بيتا سريا بالقرب من كابول اصدروا فيه اثناء استقبالهم العديد من الزائرين من أتباعهما الأوامر والإرشادات بمواصلة العمليات ضد الأهداف الغربية، وأبعاد مقاتليه عن مخيمات التدريب، وطلب بأن تهرب النساء والأطفال و بينهم بعض زوجاته إلى باكستان. وأشارت الوثائق إلى أن بن لادن والظواهري التقيا في تشرين الأول/ أكتوبر 2001 حين بدأ حلف الناتو عملياته في أفغانستان، بزعيم حركة طالبان جلال الدين حقاني. وذكرت أن زعيم القاعدة هرب برفقة الظواهري وعدد من المقربين منه إلى كهفه في منطقة تورا بورا بشرق أفغانستان في تشرين الثاني/ نوفمبر 2001، وقد شوهد في 25 من الشهر المذكور يطلق خطاباً في مجمعه للقيادات والمقاتلين، داعياً إياهم للالتزام بالقتال ومساعدة "طالبان". وأشارت الوثائق إلى أن بن لادن ونائبه هربا من تورا بورا في منتصف كانون الأول/ ديسمبر 2001، وقد اجتمع كبار المساعدين في زورمات بأفغانستان، بينهم خالد الشيخ محمد، مدبّر هجمات 11 سبتمبر، وعبد الرحيم الناشري، المتهم بالتخطيط للهجوم على المدمرة الحربية الأمريكية "يو اس اس كول" عام 2000 في اليمن، والعنصر المهم في القاعدة أبو فرج الليبي. ولفتت الوثائق إلى أن المكان كان يعج بالمقاتلين الذين كانوا ينتظرون من التنظيم إعادة جوازات سفرهم ليتمكنوا من الهروب عبر الحدود إلى باكستان.
