افتتحت جامعة القرآن الكريم والعلوم الإسلامية فرع المكلا قسم الطالبات بالكلية العليا للقرآن الكريم وقد حظي القبول بالقسم على اقبالاً كبيراً من قبل الطالبات من قبل الطالبات الحافظات للقرآن الكريم ، الحاصلات على السند والإجازة من مختلف المديريات ويقوم بالتدريس بالقسم عدد من الكفاءات العلمية النتخصصة نسائية ورجالية ، وقد ذكرت الدكتورة / فتيحة العربي وكيلة القسم أن القسم جاء لكي يساعد على تغطية الحاجة الملحة في التعليم العام والثانوي لإيجاد مدرسات للقرآن الكريم و العلوم الإسلامية متخصصات في هذا المجال بالإضافة إلى سد حاجة المجتمع من الكفاءات القرآنية التي تهتم بتعليم القرآن الكريم وحفظه ، وذكر الدكتور / عمر محفوظ باجبير عميد الكلية أن القسم سوف يساهم في تنمية قدرات المرأة العلمية والعملية لتشارك في عملية البناء المجتمعية كما أن الجامعة تحرص على أن يصبح القسم كلية مستقلة خلال الأعوام القادمة . وتعتبر الكلية العليا للقرآن الكريم أول كلية متخصصة في القرآن الكريم وعلومه على مستوى العالم الإسلامي تأسست عام 1992م وتم تحويلها إلى جامعة في حفل إشهار أقيم في صنعاء في شهر يوليو 2012م وحصلت الكلية على جائزة الملك عبدالله بن عبد العزيز في الممكلة العربية السعودية بشهر رمضان لعام 1433ه كأفضل جامعة متخصصة في القرآن الكريم وقد افتتحت الجامعة فروعاً عدة منها : فرع المكلا – فرع سيئون – فرع عدن .