كشف تقرير امريكي تورط اللواء المنشق علي محسن الاحمر بدعم الارهاب واكد التقرير علاقته المشبوهة بالتنظيمات المتطرفة والجماعات الجهادية بما في ذلك مشاركته في تدريبهم. واشار التقرير الى قلق غربي كبير من قفز زعيم الإرهاب في الجزيرة والخليج علي محسن الأحمر ونشر قواته في العاصمة صنعاء.. وكان معهد واشنطن لشؤون الشرق الأدنى قد نشر تقريرا لفت فيه إلى تطورات الأحداث الخطيرة التي تجتاح اليمن وأشار إلى ان الغرب ينتابه قلق كبير من تطورات تلك الأحداث وخاصة المتعلقة بالقائد الجهادي المعروف الجنرال علي محسن الحمر الذي تؤكد المعلومات انه نشر قواته في المناطق المحيطة بالعاصمة وتعهد بحماية المتظاهرين ووضع نفسه مدافعا عن الشعب اليمني. و في الوقت نفسه اعتبر التقرير ان الجنرال الأحمر اكثر الشخصيات احتمالا في خلافة صالح وهذا يجعل من صعود علي محسن تحديا كبيرا للغرب كونه مرتبطا بشكل مباشر ولزمن طويل بنشاطات العناصر الجهادية وتنظيم (القاعدة) خاصة مع التهديد الذي يشكله تنظيم (القاعدة) في الجزيرة والخليج. واضاف التقرير انه وفقا لتقارير صحفية وفي برقية من السفارة الأمريكية في اليمن عام 2005 وصفت الجنرال الأحمر انه اقوى القادة العسكريين في البلاد. واكدت علاقته المشبوهة بالتنظيمات المتطرفة والجماعات الجهادية بما في ذلك مشاركته في تدريبهم. وأشار أيضا ان سفارة اليمن تؤكد انه مشكوك في "التعامل مع مشكوك بهم من الإرهابيين والمتطرفين." تلك المعاملات التي تضمنت تجنيد وتدريب الإرهابيين. وفقا لتقرير جديد صدر في نوفمبر 2000 في صحيفة نيويورك تايمز فإن المخابرات الأمريكية رصدت علي محسن الاحمر وهو يسافر الى افغانستان لمقابلة اسامة بن لادن 1980،ومساعدته في تجنيد وتعبئة المتطرفين الإسلامين من مختلف بلدان العالم. "كما ان اللواء الاحمر مشتبه في نقل من يسمون بالأفغان العرب. ونقل وفقا لمصادر المخابرات الغربية واليمنية أن "الجنرال كان مسؤولا عن 20 مليون دولار مقدمة من السيد بن لادن للمساعدة في تسوية احوال المقاتلين من الأفغان العرب في اليمن ". المصادر ذهبت إلى القول إن الأيام كشفت عن علاقة الأحمر بالإسلاميين الراديكاليين وعزز من ذلك زواجه من شقيقة طارق الفضلي العنصر البارز في تنظيم القاعدة الذي برز اسمه في عام 2005 ،من خلال سلسلة من عمليات التنصت داخل عدد من المواد التي قدمت كأدلة في محاكمة تتعلق بالإرهاب في 2005 في نيويورك وكذلك تزعمه خلية كانت من وراء اول هجوم فاشل للقاعدة في ديسمبر 1992 لتفجير اثنين من الفنادق التي تقطنها القوات الاميركية وهي في طريقها الى الصومال. وفقا لكتاب عن اللواء علي الاحمر يشير إلى انه "تلقى تدريبا في العراق وهو على مقربة من جماعة الاخوان المسلمين في اليمن ، وقال انه يقود وحدات المدفعية التابعة للجيش الشمالي المسؤولة عن الدفاع عن منطقة صنعاء ". وظهرت علاقات علي محسن الأحمر بالجماعات الإرهابية والمتطرفة تحت الضوء في عام 2005 ، عندما ورد اسمه في سلسلة من عمليات التنصت التي قدمت كأدلة في محاكمة تتعلق بالإرهاب في 2005 في نيويورك. وفي شريط فيديو يحوي معلومات عن اجتماع سري عقد في غرفة في فندق في فرانكفورت في اوائل عام 2003 ضم الشيخ محمد المؤيد، رئيس مؤسسة آلقدس الدولية في اليمن ومساعده الشيخ محمد زايد ، ناقشا فيه إمكانية الحصول على أقراص مدمجة عن تقنيات التدريبات العسكرية عبر ضابط يمني تلقى تدريباً عسكرياً في الخارج حيث سيسأله ما إذا كان لديه اقراص مدمجة وماهو التخصص الذي تلقى تدريبا عليه. كما اكد ان الشيخ المؤيد كان يفكر بان يتم شراء تلك الأقراص عبر الجنرال علي محسن الأحمر باسم الفرقة وسيتم شحنها عبر وزارة الخارجية اليمنية.
