سيجلس وفدا النظام السوري والمعارضة في غرفتين منفصلتين، ويتحدثان بطريقة غير مباشرة. واعتبر الائتلاف المعارض أن "الأسد تحول إلى "جثة سياسية" فيما انتقدت الصحف السورية الحكومية المعارضة، فاعتبرت صحيفة "الثورة" أن المؤتمر "أماط اللثام عن الإرهابيين بهوياتهم الحقيقية" على حد تعبيرها. أوضح المتحدث باسم وفد المعارضة السورية إلى جنيف منذر اقبيق في حديث إلى الصحافيين أن وفدي المعارضة والنظام سيجلسان "في غرفتين منفصلتين، ويتحدثان بطريقة غير مباشرة عبر موفد الأممالمتحدة وجامعة الدول العربية الأخضر الإبراهيمي". وقال اقبيق، ردا على سؤال عما إذا كانا مستعدين للجلوس معا في غرفة واحدة، "إذا وجدنا أن هناك تقدما وأنه سيكون لمصلحة الشعب السوري الجلوس في غرفة واحدة، ننظر في ذلك". وتغير بعض أعضاء وفد المعارضة عما كان عليه في مونترو في المؤتمر الدولي حول سوريا الذي انعقد أول أمس في حضور أكثر من أربعين دولة ومنظمة. أما وفد الحكومة السورية فيبقى نفسه، وعلى رأسه المعلم. وأجرى رئيس الائتلاف السوري المعارض مؤتمرا صحافيا مساء الخميس في فندق أنتركونتيننتال اعتبر فيه أن الأسد تحول إلى "جثة سياسية". وقال "أعتقد أن العالم قطع الشك باليقين أن الأسد لا يجب أن يبقى ولن يبقى. (...) لقد اقتنعنا ومعنا العالم الحر بالأمس أن الأسد أصبح صورة من الماضي". واعتبر عضو وفد المعارضة، هادي البحرة، الخميس أن المؤتمر الذي انعقد في مونترو "صب في صالح المعارضة" و"أظهر بلطجية" النظام. وقال إن "المؤتمر كان بالتأكيد لصالحنا. وصلتنا أصداء أن التأييد في الداخل السوري كان ممتازا. للمرة الأولى نشعر بمثل هذا الالتفاف حول الائتلاف". صحف سورية تنتقد الائتلاف في المقابل، وجهت صحف حكومية سورية انتقادات إلى المؤتمر. وقالت صحيفة "البعث" الناطقة باسم الحزب الحاكم إن جلسات الافتتاح أظهرت "محاولة أعداء الدولة الوطنية السورية والشعب السوري، وعلى رأسهم الرباعي الأمريكي الفرنسي السعودي التركي، فرض رؤية محددة" تقوم على "تنفيذ بند الحكومة الانتقالية ذات الصلاحيات التنفيذية الكاملة". أما صحيفة "الثورة" فرأت أن المؤتمر فضح "مساحة المنافقين فيه، وهم يتدافعون خلف أكاذيبهم التي كشفت الزيف وأماطت اللثام عن الإرهابيين بهوياتهم الحقيقية، وهم ينطقون باسم الإرهاب، يحاضرون عن العدالة وحقوق الإنسان". الظواهري يدعو إلى وقف القتال بين "إخوة الجهاد والإسلام" على صعيد آخر، دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في رسالة صوتية نشرت على الإنترنت الخميس الى وقف القتال بين "إخوة الجهاد والإسلام" في سوريا، في إشارة إلى معارك منذ مطلع كانون الثاني/يناير بين عناصر الدولة الإسلامية في العراق والشام وتشكيلات أخرى من المعارضة السورية. وأعلن المرصد السوري لحقوق الإنسان الخميس مقتل نحو 1400 شخص في هذه المعارك، بين الثالث من كانون الثاني/يناير ومنتصف يوم أمس.