كشف التقرير السنوي لحقوق الإنسان والديمقراطية، الذي أعده المرصد اليمني لحقوق الإنسان، أن نظام الرئيس علي عبدالله صالح استغل الحرب على الإرهاب في بناء مؤسسات عائلية موازية لمؤسسات الدولة، وقال إنه في موازاة جهاز الأمن السياسي قام بتأسيس جهاز الأمن القومي، وفي موازاة الجهاز القضائي، أسس المحاكم الجزائية المتخصصة، وفي موازاة الجيش دعم الحرس الجمهوري وأسس وحدات القوات الخاصة، وفي موازاة أجهزة الشرطة أسس وحدة مكافحة الإرهاب في الأمن المركزي، وأسند قيادة هذه الأجهزة للأبناء والأقارب والموالين . ويؤكد التقرير أن تنظيم القاعدة “عبارة عن مجاميع تتلقى أوامرها لتنفيذ العمليات الانتحارية، وربما تم اختراقها بالجماعات المسلحة واستخدامها سياسياً من قبل النظام ليقول للمجتمع الدولي إن البديل منه هو تنظيم القاعدة” . ويعتبر المرصد اليمني لحقوق الإنسان في تقريره السنوي أن مستقبل تنظيم القاعدة في اليمن يتوقف على طبيعة الجهود التي ستبذلها الدولة في حربها ضد القاعدة بالدرجة الأولى، وقال إن “محاربة القاعدة والقضاء عليها يتطلبان حرباً طويلة وعلى جبهات عديدة، حيث لا يمكن القضاء على مشكلة الإرهاب خلال فترة قصيرة، بل تتطلب وقتاً طويلاً، قد يمتد لعقود، ويتوقف مدى النجاح في هذه الحرب على طبيعة بناء الدولة المقبلة” . وأضاف قائلاً: “ينبغي على الدولة أن تعمل على إضعاف البنى والعلاقات التقليدية التي تمثل بيئة حاضنة لجماعات التعصب والتطرف، فهي مولدة لمشكلات اجتماعية واقتصادية وسياسية مساعدة على خلق مجتمع شقاقي”، مشيراً إلى أن “البنية القبلية مسؤولة عن كثير من المشكلات، ليس الإرهاب فقط، بل التقطع أيضاً، وخطف الأجانب، وعدم تنفيذ القانون، والثأر، وبالتالي فإن واحداً من الإجراءات المهم التي ينبغي على الدولة أن تتخذها هو إضعاف البنية القبلية” . وأكد التقرير أن مكافحة الإرهاب في اليمن لن تتحقق غاياتها بالقضاء على التنظيمات الإرهابية إلا بوفاق وطني وباستراتيجية سياسية وطنية تشارك في وضعها وتنفيذها الأحزاب والمنظمات المدنية والمؤسسات المناهضة للإرهاب عبر حوار جاد بين أطراف الصراع . ويرى الباحث المتخصص في شؤون الجماعات الإسلامية في اليمن نبيل البكيري أن الحديث عن تنظيم القاعدة مبالغ فيه والقضاء عليه مبالغ فيه أيضاً، وقال: “المتابع للأحداث في اليمن يكتشف أن ما يحصل هو ضجيج إعلامي أكثر مما هو عسكري” . وأضاف البكيري أن “من قام بمهمة تحرير المدينة وفك الحصار على اللواء 25 ميكا في أبين قبل يومين، هو اللواء 119 الموالي للثورة الشبابية الشعبية، ما أظهر تقصيراً وتراخياً وعدم استخدام الجيش الواقع في إطار المنطقة الجنوبية الذي يقوده مهدي مقولة الموالي لنظام صالح الذي لم يستجب لنداءات الجنود المحاصرين وإخراج المسلحين وفك الحصار التي من مهمتهم، ولهذا يحسب هذا الانتصار للواء 119 الموالي للثورة” . وتوقع البكيري ظهور المسلحين من جديد، لكنه قال إن “الأمر الخطير أن هؤلاء المسلحين تحت مسمى “أنصار الشريعة” قاموا بعملية فيد وسلب الممتلكات الخاصة والمعسكرات من أسلحة، ما يدل عن اختراق أعضاء القاعدة الذين لا يتصرفون مثل ذلك التصرف من نهب وسلب بل ربما تجمعهم البندقية فقط دون الأفكار وتلك التصرفات التي ليست من تصرفات وسلوك القاعدة” .