غادر اللواء علي محسن الاحمر اليمن في سفرية غامضة بعد لقاء جمعه بالرئيس هادي وخلاله قدم محسن استقالته من منصبه كمستشار لرئيس الجمهورية لشؤون الدفاع والأمن. وبحسب صحيفة الاولى التي نشرت الخبر فأن الرئيس هادي رفض الاستقالة التي قدمها محسن قبل ايام وهو متوتر ومنفعل وابلغ الرئيس هادي نيته اعتزال العمل العسكري والسياسي " إن كان ذلك ما يريده (هادي)، وذلك في سياق شكوى من محسن ضد وزير الدفاع اللواء محمد ناصر أحمد." وقد رد هادي برفض عرض الاستقالة، ووجه محسن بالبقاء في عمله، كما وجه بصرف اعتمادات مالية، كان بعضها موقفا، وتسويات وظيفية جديدة كانت مطلوبة لمحسن. وبحسب الصحيفة فإن مستشار الرئيس لشؤون الدفاع والأمن اشتكى للرئيس مواقف صادرة عن الوزير أحمد؛ وأعقبها بالقول: إذا كنت تريد مني الاستقالة، فسأستقيل، وأسافر للإقامة في الحديدة، ولا أتدخل في أي شيء. مضيفا، بحسب المصادر، ومخاطباً هادي: محمد ناصر أحمد سيخذلك مثلما خذل (الشيخ سنان) أبو لحوم (الرئيس) إبراهيم الحمدي. وكانت خلافات تفاقمت بين وزير الدفاع وعلي محسن، دون اتضاح أسبابها، (المصادر التي حضرت عرض محسن الاستقالة، رفضت الإفصاح عن تفاصيل شكوى محسن). غير أن الخلاف انعكس في تصعيد غير مسبوق ضد الوزير، في وسائل الإعلام الممولة من اللواء محسن، أو المحسوبة على "الإخوان". وكان علي محسن يضغط مع التجمع اليمني للإصلاح وأولاد الشيخ الأحمر، لإشراك الجيش في المعارك الناشبة بينهم وبين الحوثيين، في عمران، ورفض الرئيس ووزير دفاعه ذلك، وشن الجيش حرباً ضد القاعدة في أبين وشبوة، قبل 3 أسابيع، بمعزل عن مشاركة ألوية وقيادات عسكرية معروفة بقربها من قائد الفرقة الأولى مدرع سابقا.