رغم تهديد السلطات باعتقاله في حال عودته،عاد زيلايا إلى بلاده بعد ثلاثة أشهر من خلعه حيث كان الرئيس المخلوع يقيم في نيكاراغوا منذ خلعه في 28 يونيو/حزيران الماضي. عودة زيلايا هذه احدثت جدلا في الاوساط المحلية والدولية وتعددت الرؤى حول امكانية العودة الى الحكم او التسليم للقضاء كما اعلنت السلطة الجديدة في هندوراس. الولاياتالمتحدة التي وقفت إلى جانب زيلايا خلال إقامته في المنفى انتقدت السلطات بسبب عجزها عن إعادة الديمقراطية وحكم الدستور، كما دعت منظمة الدول الأمريكية الى إعادة زيلايا الى منصبه. كانت محادثات أجريت في كوستاريكا لحل الأزمة في هندوراس انتهت بالفشل،لكن الولاياتالمتحدة وبعد عودة الرئيس المخلوع قالت على لسان وزيرة الخارجية هيلاري كلينتون إن عودة زيلايا لايجب ان تؤدي إلى اندلاع أعمال عنف ودعت إلى إجراء محادثات بين الرئيس المخلوع والحكومة المؤقتة. الأزمة نشأت حين حاول زيلايا إجراء استفتاء عام على تعديل الدستور. زيلايا الذي اجرى مقابلة هاتفية مع محطة تلفزيونية أبلغ خلالها بعودته لم يحدد مكان إقامته لكنه وصف عودته بأنها تهدف إلى إعادة الديمقراطية والدعوة إلى الحوار. حين طالبت الحكومة المؤقتة في هندوراس من البرازيل تسليمها الرئيس المخلوع مانويل زيلايا الذي لجأ الى السفارة البرازيلية في عاصمة هندوراس بشكل مفاجئ، وتزامنا مع مطالب الرئيس المؤقت في هندوراس روبرتو تشيليتي المجتمع الدولي بعدم التدخل في الأزمة الحالية في بلاده. في ذات الحين كان انصار زيلايا يتجمعون أمام إحدى بنايات الأممالمتحدة في العاصمة حيث كانوا يعتقدون أنه هناك لكن المنظمة نفت وجوده داخل البناية. لكن تجمعا آخر للانصار كان كما يبدو متواجدا في المكان الصحيح أمام السفارة البرازيلية هنالك حيث قال مسؤولون في السفارة البرازيلية وزوجة زيلايا ووزير الخارجية البرازيلي سيلسو أموريم مايفيد بوجود زيلايا داخل السفارة. كان زيلايا حاول العودة جواً الى بلاده بعد خلعه لكن السلطات أغلقت حينها مدرج المطار ومنعت هبوط طائرته ما اضطر الرئيس المخلوع مؤخرا السفر على مدى يومين للوصول الى بلاده.