انتقد البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، تعامل الحكومة مع الوضع الأمني خلال أحداث الخصوص والاعتداء على الكاتدرائية المرقسية بالعباسية، قائلا إن الموضوع بالنسبة له "مؤلم جدا، وغريب على المجتمع". وأضاف البابا، في مداخلة له على قناة مارمرقس القبطية المصرية التي تمثل بطريركية الأقباط الأرثوذكس، تناقلتها وسائل الإعلام المصرية، أنه يتابع الوضع، وأن هناك اتصالات مع الرئاسة، والحكومة، وشيخ الأزهر أحمد الطيب.
وانتقد البابا في كلمته الجهات الأمنية قائلا إنها لم تقم بدور كامل، وقال إن هناك "شبهة تقصير، وإن الوضع كان يمكن السيطرة عليه لو كان هناك قرار صائب في توقيت صائب، لكن هناك حالة عدم استقرار وتسيب بسبب رخاوة القانون". وعبر البابا عن ألمه بسبب "سفك الدماء وحالة عدم الاستقرار العامة في الشارع المصري". ووجه نداء إلى "التحلي بالحكمة وإعمال العقل". وانتقد ما شاهده من عكسته المشاهد والصور على التليفزيون من "تقاعس"، واصفا ذلك بأنه "مهين لمصر". ثم عبر تواضروس الثاني في نهاية حديثه عن تقديره لمشاعر الحكومة والرئيس والمسلمين، لكنه أشار إلى أن "المشاعر لا تكفي في هذه الأمور"، وطالب "بضرورة وجود قرارات حاسمة ومرضية". "لماذا الانتظار" وفي مداخلة أخرى بثتها قناة أون تي في المصرية، علق البابا على توجيهات الرئيس مرسي بسرعة التحقيق في الأحداث متعجبا "هل عند حدوث مشكلة يجب أن يتم الانتظار للتوجيه لفتح التحقيق فيها". وأكد أنه "يجب أن يكون القانون المصري مستيقظا وأن يأخذ مجراه". وردا على طلب بعض الأقباط للحماية الدولية، قال البابا إن "الأشخاص المطالبين بالحماية الدولية يعبرون عن أنفسهم، والكنيسة لا تطلب حماية من أحد إلا الله". وقد حددت الكاتدرائية المرقسية بالعباسية يوم الخميس لتلقي العزاء في ضحايا الخصوص والكاتدرائية. ومن المقرر أن يحضره البابا عدد من أساقفة المجمع المقدس.