دخلت العلاقات التركية المصرية في أزمة جديدة على خلفية الإشارات السلبية التى حملها خطاب الرئيس التركي رجب طيب أردوغان أمام الأممالمتحدة، والتي وجه فيها انتقادات لمصر ما دفعها إلى إلغاء اجتماع كان مقررا بين وزيري خارجية البلدين. وفتحت الأزمة عديد الأسئلة حول مستقبل العلاقة، ومدى تأثيرها على القضايا الإقليمية، إلى جانب أنها كشفت عمق التناقضات في المواقف التركية. ففي الوقت الذي بعثت فيه بإشارات إيجابية نحو مصر في الخفاء، وجهت لها طعنات غادرة في الأممالمتحدة. وكان أردوغان قال في خطابه إن بلاده تقف ضد، ما أسماه الانقلاب في مصر، متسائلاً: "لماذا يصمت العالم على من انقلب على الديمقراطية في مصر". وحث خبراء ومحللون مصريون القيادة المصرية على الرد بقوة على استفزازات أردوغان خاصة أنها جاءت هذه المرة في اجتماعات الأممالمتحدة، وهو المكان الذي لا يسمح فيه بإهانة مصر من أي جهة كانت. وقال نشأت الديهي الباحث المتخصص في الشؤون التركية، في تصريح ل"العرب" إن أردوغان يدير سياسته بصورة مستبدة، قائمة على دكتاتورية الفرد. وكانت الخارجية المصرية قد أصدرت بيانا أكدت فيه أن "مصر تابعت باستياء واستنكار بالغين كلمة الرئيس التركي (...)، وما تضمنته من أكاذيب وافتراءات". وأشار "الديهي" إلى ضرورة استخدام العديد من الأوراق للتعامل مع تركيا، منها تطوير العلاقات مع اليونان، كبديل عن العلاقات مع تركيا، واستغلال هذا الملف للضغط على أنقرة، والاستفادة من مشكلة حزب العمال الكردستاني، واستضافة زعمائه، على غرار ما تفعل تركيا مع الإخوان. من جانبه، لم يستبعد محمد عبدالقادر رئيس وحدة الدراسات التركية بمركز الأهرام للدراسات الاستراتيجية حدوث مواجهة سياسية عملية على أرض الواقع، بين القاهرةوأنقرة، في العديد من الملفات. إلى ذلك، اعتبر نصر سالم الخبير العسكري أن السياسات التركية لا تختلف على الإطلاق مع سياسة الولاياتالمتحدة بالمنطقة، مؤكدا أن كل طرف يقوم بمهمته وفقا لطريقة توزيع الأدوار، بشكل محكم ودقيق، لكن يجمعها إطار عام في النهاية يخدم السياسة الأيديولوجية لجماعة الإخوان المسلمين.