قامت وزارة التربية والتعليم بإلغاء الإدارة العامة لمدارس القرآن الكريم من الهيكل الوزاري الجديد في إطار حملة تنفذها الوزارة منذ عام 2003م وتستهدف مدارس القرآن الكريم. وبحسب مصادر مطلعة فإن الحملة الوزارية بدأت بإلغاء بعض مستويات تعليم القرآن الكريم ورفض طباعة المناهج وإلغاء الشهادة التكميلية المتعلقة بها، مروراً بمحاولة إلحاقها بوزارة الأوقاف والإرشاد غير المختصة بالتعليم و إفراغ مدارس القرآن من محتواها وانتهاء بإلغائها نهائياً من النماذج المعدة لهيكل الوزارة الجديد. يذكر أن وزارة التربية والتعليم أعدت نماذج لهيكل جديد للوزارة، وما يجمع هذه النماذج أنها ألغت جميعها الإدارة العامة لمدارس القرآن الكريم.