اتهم مدير مدارس التحفيظ في أمانة العاصمة محمد الأسلمي وزارة التربية بالتضييق على مدارس التحفيظ بسبب تبنيها الوسطية والاعتدال وبث روح الإخاء والألفة وتعميق الولاء الوطني في نفوس النشء، في وقت تشجع فيه ضمنيا المدارس التي تتبنى الغلو والتطرف والإرهاب، على حد قوله. واعتبر الأسلمي في تصريحات نقلها موقع الجزيرة نت إغلاق مدارس في عدد من أحياء العاصمة ومصادرة مبنى الإدارة العامة للتحفيظ وطرد موظفيه وتسليمه كليا للإدارة العامة لمحو الأمية وتعليم الكبار دليلا على تهميش هذه المدارس. وقال المدير العام لمدارس القرآن الكريم محمد الغيلي أن الخطوات التي اتبعتها الوزارة في السنوات الأخيرة إزاء مدارس التحفيظ قلصت من تأدية دورها على أكمل وجه. وأضاف الغيلي إن " جوانب التحجيم التي بدأت بنقل مدرسيها إلى مدارس التعليم العام بحجة الاحتياج إليهم ولم يبق –كما يقول- إلا 2600 مدرس مقارنة بحوالي خمسة آلاف مدرس قبل صدور القرار. وأشار الغيلي الى حذف مواد الفقه والحديث والسيرة النبوية والقراءة والأدب من المنهج ثم تبعها إلغاء الشهادة الثانوية التكميلية التي كان يحصل عليها خريج هذه المدارس. ونفى وكيل وزارة التربية لقطاع التعليم محمد هادي طواف تلك الاتهامات، وأكد أن الوزارة تولي مدارس القرآن الكريم كل رعاية واهتمام وهي تدخل ضمن هيكلة قطاع التعليم، مما يدل دلالة واضحة على الاهتمام بهذه المدارس ولا نية لديها لتقليصها. ويرى طواف أن الوزارة حددت شروطا ومعايير لهذه المدارس تتعلق بعدد الطلاب والمدرسين الأكفاء كشرط لاستمرارها. وبشأن مصادرة المباني قال طواف للجزيرة نت إن هذه المباني تتبع الدولة وهي أملاك عامة وليست ملكا لأحد والوزارة تخصص لكل نوع من أنواع التعليم ما يكفيه من المباني والتجهيزات. وأوضح أن مشكلة مبنى إدارة التحفيظ بأمانة العاصمة في طريقها إلى الحل حيث تم الاتفاق على تخصيص شقة لإدارة التحفيظ إلى جانب إدارة محو الأمية. وفيما يتعلق بالملاحق الموجودة في المساجد، قال طواف إن وزارة التربية اتفقت مع وزارة الأوقاف على أن تشرف الأخيرة على هذه الملاحق حتى لا تتشتت الجهود ويحدث تداخل في الاختصاصات، أما مدارس التحفيظ الخاصة فهذه تتبع لإشراف وزارة التربية مباشرة. وعن انعدام الدعم المالي أفاد بأن جميع الإدارات العامة بقطاع التعليم لا يوجد لديها موازنة تشغيلية، ولكن هناك موازنة عامة للقطاع بشكل عام والإدارة العامة لمدارس القرآن الكريم تحظى بنصيبها مثل أي إدارة أخرى. وبرر طواف قضية حذف المواد من المنهج بتكرار المواد وتعارضها مع منهج التعليم الأساسي الذي يتلقاه الطالب في المدرسة العادية. وذكرت إحصائية رسمية لوزارة التربية وجود أكثر من خمسمائة مدرسة في مختلف المحافظات اليمنية تضم أكثر من سبعين ألف طالب وطالبة خرجت ألفين و284 حافظا وحافظة للقرآن.